随着1992年我国市场经济体制的逐步建立，特别是1998年新的会计制度的颁布实施，给我国事业单位会计改革在带来新的机遇的同时，也带来了严峻的挑战。经济体制改革的不断深入，必将带来事业单位的体制改革和会计改革。目前，国家对企业会计的改革随着《企业会计准则》的颁布与实施而基本到位。但也存在一些问题，如《事业单位会计准则》适用范围不全面、事业单位会计制度滞后于我国财政预算体制改革、事业单位以收付实现制为核算基础本身存在局限性等。因此，要全力配合国家对事业单位的政策，加大推进权责发生制力度，探讨适合新形势下的事业单位会计改革的思路。
　　
　　一、事业单位会计发展的阶段
　　
　　(一)1992年以前我国事业单位会计基本原地踏步新中国成立后我国在从国家机关至企事业单位的会计制度以及会计管理模式上普遍借鉴前苏联模式。十一届三中全会的召开虽然给我国企业改革带来了契机。但由于事业单位改革长期滞后，我国事业单位会计制度除了随国家有关法律法规的变迁被动地进行一些调整外，整体上变化并不大。
　　(二)我国现行事业单位会计制度的确立随着我国事业单位改革的不断深入，事业单位发生了分化，逐步改革为国家拨款型事业单位、差额拨款型事业单位和自负盈亏型事业单位。新的改革促使事业单位会计突破原有事业单位会计准则的局限，向企业会计准则靠拢。1998年，我国预算会计改革时，根据事业单位经济活动的特点和简化、适用的原则，制定了《事业单位会计准则》。这次改革基本明确了事业单位会计制度的目标、前提、假设、原则、要素、报表组成以及资金核算原则、收支确认原则等重大问题，其对规范事业单位会计核算，加强单位财务管理，提高事业单位的会计工作质量都起到了积极的作用。
　　(三)预算管理制度的四项改革1998年以后我国在公共财政框架下进行了预算管理制度的四项改革。一是编制部门预算；二是实行政府采购；三是建立国库单一账户；四是深化收支两条线改革。同时民间具有事业性质的民办学校。文艺团体、社团组织、协会、商会等不断涌现，为了规范这类事业单位的会计核算，财政部于2004年8月颁布了《民间非营利组织会计制度》，并规定2005年1月1日起执行。
　　
　　二、事业单位会计准则和会计制度的不足
　　
　　(一)《事业单位会计准则》适用的范围不全面现行的《事业单位会计准则》只规范国有事业单位的会计行为，对民间事业单位适用《民间非营利组织会计制度》。同为事业单位，国有事业单位和民间事业单位适用不同的会计处理规范，使得事业单位的会计信息缺乏可比性。
　　(二)事业单位会计制度滞后于财政预算体制改革我国的财政分配模式已经由过去的供给型向经营管理型转变，公共财政体制也在逐步完善。国库集中支付制度已经在我国全面推行，要求财政资金通过国库单一账户体系储存、支付和清算，同库集中支付改革加强了对财政资金的管理，改变了原有的资金收支渠道，同时，政府采购要求采用直接支付的方式，纳入预算管理的事业单位的会计核算就需要作相应的调整，其会计核算科目和财务报表项目均需要体现这些新业务的信息。
　　
　　(三)事业单位以收竹实现制为核算基础存在局性，具体表现在以下几点：
　　一是在收付实现制下，无法客观、全面地反映事业单位的资产和负债情况。事业单位会计采用收付实现制，所提供的信息，强调某一年度内的事业单位收支产生的现金流量，对跨期的资本性支出，收付实现制是以现金的支付日作为费用核销，不能全面反映资产、负债情况，往往会混淆经常性支出和资本性支出，这种做法导致事业单位国有资产规模和数量信息失真，对这些资产的监督和控制也可能失真。
　　二是在收付实现制下，会计信息缺乏可比性。事业单位市场化体制和市场化进程不断推进，投资主体多元化，随着私人部门介入事业单位领域，对事业单位会计信息的透明度和准确性提出了更高的要求，目前所采用的收付实现制已不能适应事业单位投资主题多元化体制改革的要求。收付实现制下所提供的会计信息缺乏可比性。
　　三是在收付实现制下，不能客观地反映事业单位的绩效和预算执行情况。在收付实现制下，以款项的实际收付为基础确认收入和费用，主要向会计信息使用者提供一定会计期间内资金来源、使用及报告日现金余额等信息，其实质是将事业支出总量和事业收入总量相配比，这种配比不能客观地反映事业单位的绩效和预算执行情况。
三、事业单位会计改革的思路
　　
　　(一)全力配合国家对事业单位的政策配合国家对事业单位的政策，将原有全额拨款、差额拨款的事业单位作为新的事业单位的确认基础。将原有自收自支的事业单位从目前事业单位概念中删除，作为企业单位注册登记。
　　(二)事业单位会计改革应区分准则与制度层次的差别在准则这一国家财政层次上，应当制定一个适用于所有各类事业单位组织的会计普遍性原则和要求。这一层次解决会计管理的基本问题，如记账方法、记账基础、各类要素的核算要求等。而在制度层次，应区分企事业单位的不同特点，以及不同类型事业单位在会计制度上的差别，分别制定不同的会计制度。对于国家拨款型事业单位，由于这一类事业单位组织会计是政府投资兴办的，不具有国家管理职能，不进行物质资料生产，不以营利为目的的国有非营利组织，对其可遵循国家财政通用的行政事业单位会计制度；而对于差额拨款型事业单位和自负盈亏型事业单位，可执行企业型的会计制度。
　　(三)事业单住会计改革也应“政事分开”，引入竞争生存意识所谓“政事分开”，其实是来源改革之初的“政企分开”思路，由于目前事业单位不再具有行政职能和行政收费项目，自然没有必要划分预算内收支和预算外收支，以及减少、取消预算拨款，除少量补贴外，资金来源均市场化，为事业单位传统预算体制下的财务、会计体系的变革提供了理论基础。此外，随着事业单位体制改革的进一步深入，事业单位的理财环境越来越趋向企业化。事业单位面临着激烈的市场竞争，要生存下去，必须首先要有物质保证，自主理财。在新形势下，事业单位的财务人员要牢固树立竞争生存意识，以市场主体的身份来要求自己而不是以“吃皇粮”的心态理事。
　　(四)加大推进权责发生制力度引入企业实行多年的权责发生制，并逐步创造条件全面铺开。现行的《事业单位会计准则》(试行)第十六条规定“会计核算一般采用收付实现制，但经营性收支业务核算可采用权责发生制。”可以说事业单位收付实现制并没有完全诠释好会计的内在精髓；在收付实现制下，事业单位经常存在一个会计年度内收支项目会出现不配比的情况，有的年份支出过于偏大，是不合理的失偏。由于事业单位对非经营性业务采用收付实现制，不进行成本核算，就难以对这些非经营性业务进行正确的资金使用绩效评价和考核。同时，实际工作中经营性业务和非经营性业务常常并不容易区分，这使得费用难以合理分摊，造成成本不能准确计量，不利于事业单位的内部管理和财政经费预算资金的有效使用。因此，循序渐进对事业单位采用统一的权责发生制，进行全面的成本核算，以更有利于节约资金和提高运行效率。同时也更接近于《民间非营利组织会计制度》和《企业会计准则》的规定，便于实现会计核算的统一与可比。