一、事业单位现行收付实现制核算方式存在的弊端
1. 不能全面准确记录和反映单位的负债情况，不利于防范财务风险。收付实现制下的财务支出只包括货币资金实际支付的部分，不能反映那些当期虽已发生但尚未用货币资金支付的债务，单位的负债和一些隐性债务不能得到反映，不利于防范未来的财务风险。
2. 不能真实反映对外投资业务。收付实现制在投资发生时作一项资产的增加和另一项资产的减少，到投资收回时才一次确认损益，也不计提减值准备，无法反映各期的投资收益，有的长期投资在几年内只反映其成本，不能反映投资的真实情况，不利于加强投资管理，评价投资的效益。
3. 不能反映固定资产的真实价值。由于目前事业单位固定资产不计提折旧，无法反映固定资产的实际净值，不能在费用和成本中反映资产的耗费，以至固定资产账面与实际价值严重背离，不能真实反映单位的固定资产状况。
4. 收支项目不匹配，不能完整真实反映当年收支结余。收付实现制以现金收付为标准确认收入和支出，造成一些本期收益已经实现，但由于款项尚未收到以及实际已经开支，但款项尚未支付而不能列收列支，或者将应在几个会计期间列收列支的项目，在一个会计期间列收列支，造成项目之间收支不配比，无法真正反映当期收支结余，各期之间收支波动性很大。
5. 会计报表信息不完整，项目列示不科学。主要体现在：基本建设支出不在财务总账中反映，而是单设基本建设账，总账上只是反映一个结转自筹基建数，在建工程的进展情况、投入情况无法知晓；另外，资产负债表和收入支出表中同时反映收支项目，既不符合资产负债表作为静态报表，不应反映收支类科目的属性，又因重复列示而无意义。
6. 不利于进行成本核算、提高效率和绩效考核。收付实现制以款项是否收付为标准入账，当收益实现和收到款项时间不在同一期间时，会计记录便不能代表当期业务活动的真实结果，同理，当费用发生与支付不在同一期间时，会计记录也不能正确反映当期业务活动所支付的代价。因此，收付实现制不能客观真实地核算成本和反映运营结果。
二、引入权责发生制的思路和主要业务处理
事业单位会计核算基础改为权责发生制，就目前状况而言，不可能一蹴而就，应采用渐进式的改革，逐步推进。当前，我们应按照权责发生制的要求，对那些条件比较成熟的会计业务处理进行改革，使事业单位的权责发生制改革迈出实质性的步伐。现将一些主要会计业务的处理作如下建议：
（一）收入的权责发生制处理
事业单位的预算外收入，包括劳务接受人应交未交的费用，应按提供劳务的期间，将实收和应收的款项均确认为应上缴专户的财政性资金。
会计分录为：
借：现金（银行存款）
贷：应缴财政专户款
或
借：应收账款
贷：应缴财政专户款
“应缴财政专户款”科目贷方反映按照权责发生制应上缴财政专户的全部预算外资金，借方反映实际上缴财政专户的预算外资金，余额反映应缴未缴的预算外资金。
（二）支出的权责发生制处理
对支出业务，应按权责发生制列为收益期间的支出，对于跨月、跨年支出应按收益期间，采用一定比例合理划分，进行分摊；对实际劳务已经发生，款项尚未支付或完全支付的事项，应当按照劳务或购货实际时间列报支出。
会计分录为：
借：事业支出等
贷：银行存款（或应付账款）
（三）对外投资的权责发生制处理
对外投资包括债权性投资和股权性投资，应当按照权责发生制确认投资成本和投资收益，不能在投资收回时一次性确认收益。如购买债券，其利息的确认应当分月确认投资收益。股权性投资应当参照企业会计制度采用成本法或权益法确认投资收益或损失。
确认利息收入时：
借：其他应收款—应收利息
贷：其他收入—利息
（四）固定资产的权责发生制处理
对固定资产应按照权责发生制计提折旧（可采用使用年限法、工作量法、年数总和法等），分月计提，列为支出，计入成本，而不是在购买时一次性列为支出，以全面、正确反映固定资产的实际耗费和净值，并取消“固定基金”科目。
计提折旧时：
借：事业支出—折旧
贷：累计折旧
（五）改革完善会计报表，全面反映事业单位的财务状况
1. 在资产负债表中，取消“结转自筹基建”科目，增设“在建工程支出”科目，全面列示在建工程状况；取消收支类科目，并根据对具体会计业务的权责发生制改革，增设部分新的会计科目；在会计报表附注中，对或有负债和重要事项进行披露。
2. 将收入支出表改为“收益表”，详细反映一定会计期间的收入实现情况、费用耗费情况和单位经济活动的成果，并在表中列示“执收单位实际预算外收入数”和“执收单位实际上缴财政专户数”，以反映事业单位全年实际预算外收入和上缴数。
3. 增设“收益分配表”年报，作为“收益表”的附表，以反映会计年末单位对实现的净收益的分配和亏损的弥补情况。
4. 增设“事业单位现金流量表”，以反映事业单位一定期间的现金流入、流出情况，评价单位本期收益质量和财务弹性，并预测单位未来的现金流量。
总之，事业单位会计核算制度引入权责发生制是一场根本性的变革，其对单位加强成本管理，提高经济效益，真实全面反映财务状况，推进绩效管理，评价其经营管理状况，将起到重大而深远的影响。
