“三分离”管理模式旨在通过内部的分权和制衡，在财政内部重新配置预算管理权限，形成预算编制、执行、监督“三权分离”的新的组织制衡机制。作为预算监督基础和预算执行前提的预算编制，在财政管理三相智能中首当其冲，是“三分离”改革能否顺利进行以及有无实质性内容的关键，是改革能深入何种程度的根本前提。
一、预算编制现状
(一)预算法律体系需逐步完善
现行的《预算法》在1994年颁布，但到2000年我国才开始试编部门预算，随着预算编审的进一步推进，多年来政府预算执行过程中存在的一些现象，折射出当下研讨和研究的重要课题之一便是如何对现行的《预算法》进行更好地完善。
(二)预算编制方法不够科学
1、“基数法”仍在使用
传统的财政预算模式是渐近式的增量预算模式，在上年财政收支的基础上，对各项增支因素与社会经济发展速度等进行综合性考虑，新的预算在适当增减之后形成。由于基数本身很难说明合理性，且确定增长量的科学依据通常比较匮乏。因此，在改革预算决策的过程中，零基预算逐渐完全替代了这种渐近模式增量预算模式。但在实际操作中，由于体制惯性，“基数法”仍在很大程度上被沿用。
2、零基预算限于形式
部分单位在实行零基预算时，在编制预算环节，有一定现象的以收定支情况出现。部分单位拥有较多的预算外资金收入，在安排预算时并不以本单位的实际需要支出为依据，而是对预算支出进行虚编，造成较大水分的预算支出。其次，矛盾客观存在于法定支出政策和零基预算原则之间。比如计划生育、农业、教育、科技等，有关部门普遍要求将幅度占支出比重进行增长，造成矛盾客观存在于零基预算原则与其基数加增长的实质之间。
(三)并不衔接的相关制度与预算编制时间
1、彼此相互脱节的预算执行与审批时间、预算年度
我国《预算法》规定“预算年度自公历的1月1日起，至12月31日止”。实际情况却是我国大部分地区在每年3、4月间才会召开的人代会；从每年3、4月开始的财政年度与《预算法》中规定的自然年度相脱节，致使预算滞后于预算的实际执行，处于法律效力空档期的预算时间至少占全年1/4， 使多数预算项目要在预算年度开始近半年后才能拿到相应的资金。
2、互不衔接的部门计划年度与部门预算编制时间
目前要求将编制部门预算的时间提前数个月，但由于一般直到春节后，各部门才进行布置目标计划及下一年度工作任务，由于不具
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体的目标任务，使专项支出和收支计划中出现不可预见性支出，致使频繁发生在预算执行中进行追减追加情况。
(四)地方政府非常规预算调整频发
1994年的分税制改革，造成事权下移、财权上移，使地方财政对于中央财政的依赖程度更为严重，从目前的整体情况看，我国的行政预算依然影响着预算体制，各级政府官员相对淡薄的预算法制观念，在每年通过预算案之后，对于纷至沓来的上级和中央的各项政策，并无资金配备或只配部分资金，所以只有进行预算调整。地方行政领导的更替也是造成非常规预算调整频发的原因之一。
(五)定额标准体系低、项目支出无细化
在预算编制过程中，支出定额标准偏低，人员经费核定不准。财政部门掌握的基础性数据又依赖于各职能部门，往往在部门上报预算的基础上，根据财力状况酌情压缩。由于仅仅是对切块打捆编报方法的沿袭，项目支出预算编制在具体支出去想上并没有细化，一些市县执行国库集中支付后，由于受预算编制的限制，用款计划也是仅能申报到类级科目。
(六)缺乏机制对预算编制进行绩效考核
追踪问效和绩效考评机制尚未在部门预算特别是项目支出预算中有效建立。比如目前各级地方政府投资力度很大的“交通、水利、市政园林”三项工程建设，往往上设总指挥部，下设若干指挥部，新旧基建项目不整合，临时人员工资、过年过节、员工慰问等各项都在支出。以我市为例，2010年度统计35个工程项目，光管理费超过控制数50%的就达24个，个别指挥部管理费甚至超控制数的280.7%。尽管对于部门预算编制质量核定和项目绩效将成为必然，但现阶段对于项目预算管理的经验和考核标准，财政部门普遍缺乏的情况下，实际上已经出现了各部门争着上项目、多立项多安排预算，就能多取得资金支配权的现象。
二、深化预算编制改革的对策
“三分离”改革是财政管理改革的重要一环，涉及到政府行为、绩效纠偏等多方利益，如何科学整合，重构框架，提高管理绩效。笔者认为进一步改革和完善我国预算编制可从如下方面入手：
(一)修改相关法律或推进立法，营造良好的法律环境
对相关法律进行修改，使程序进一步规范。通过对中国《预算法》极其配套法律进行修改，将预算调整的概念重新界定，并入全部预算调整，对预算调整方式、过程及监督等相关内容进行明确规定。通过法律对拨款程序进行详细的规定，填补预算编制管理中存在的法律漏洞。
推进绩效预算立法。只有通过立法将绩效预算上升到法律层面，改革才更具严肃性和约束力。通过渐进式的策略，从整体上设计，局部试点，逐步在省、市一级范围内推进预算改革，细化预算责任，从而实现预算编制能在上年绩效结果的基础上，对其标准、依据和内容做出有法可依、有据可查的量化编制判断。
(二)争取高层支持，营造积极的政治环境
“三分离”改革中的公共财政组织体系配置，作为改革中的重要支撑力量，必须得到省级、各级地方行政主要领导的支持。只有在加强领导层及部门单位的有效沟通和协调，形成良好的改革氛围和全力支持的政治环境，才能使改革从编制、执行到监督都能得以沿着改革目标顺利进行。
