从本质上来讲，预算外资金是统收统支的财政体制下产生的一种畸形产物，其设置的根本目的在于在高度集中的财务体制之下，地方企事业单位为了获得一定的财务自主权而进行的一种变通，一定程度上调动他们理财的积极性。近些年来，随着行政事业单位预算外资金的不断增长，该部分游离于预算外的资金和我国的财政体制改革存在着一定的冲突和矛盾，对公共财政体制的建设工作带来了一定的麻烦，需要针对这些问题加以改善和解决。
一、行政事业单位预算外资金的作用
预算外资金形成于我国建国初期，适用于高度集中的计划经济时期，它的存在有其历史必然性和必要性，它在我国的经济发展中曾起到十分积极的作用。
(一)调动地方行政事业单位工作积极性
由于预算外资金和国家预算的那种“一经核定、不得随意变更”的固定特征不同，部门、地方以及单位对于预算外的资金具有一个比较高的灵活使用性，能够通过机动灵活的方式满足单位的各种需要。由于该部分资金的多少、使用效率和分配等都和单位自身的利益密切相关，所以在使用过程中，地方行政单位都会予以密切的关注，在资金的使用效果和使用责任等方面都有较强的责任心，确保了行政单位必要的财力。
(二)有效弥补预算内资金的不足
由于近些年来，国家的建设项目多、规模浩大，导致国家的财政负担很重，资金的需求与支出之间存在着较大的缺口。而预算外资金可以将这些零散的资金置于预算之外，使得地方行政事业单位可以通过自己的支配来获得这些资金，通过因地制宜的方式灵活的解决一些国家预算管理不到而又必须发展的项目和事业。通过这种方式可以有效的弥补预算内资金的不足，解决全局性的需要要求。
二、行政事业单位预算外资金存在的问题
随着社会经济的进一步发展，经济体制的不断变革，预算外资金的大量存在，逐渐暴露出预算外资金管理制度不配套，措施不到位等弊端。
(一)预算外资金的收入缺乏有效的监管
当前预算外资金的收入一般是单位报多少，财政就审批多少。这主要是由于预算外收入是通过单位来进行，之后上缴到财政专门账户上，至于上缴的多少则完全由单位的自觉性来控制，财政还缺乏一个有效的监管办法。从目前的情况来看，虽然已经出台了关于预算外资金管理制度来对这部分资金进行加强与管理，但是地方单位对资金的瞒报、少报、截留、挪用以及坐收、支预算外资金的现象依然较为普遍。缺乏一个有效的管理手段导致财政部门难以准确的对预算外资金进行核算。
(二)缺乏对预算外资金支出的监管
预算外资金由于缺乏一个有效的管理和引导，容易导致对预算外资金
的分散性以及收支的自由性的问题。这时，就容易导致预算外资金的乱收乱支的问题。预算外资金的混乱在一定程度上导致了财政资金额的，有违财政资金的正常使用和流动，导致“用于正常建设的资金不能迅速的到位用于资金的支出和投资，导致财政资金不足”的问题。这些资金的泛滥不但影响到了社会资金的正常流动，导致财政资金的整体效益下降，同时还使得自身的使用效益和极大的下降。
(三)资金协调与监督检查工作缺位
在一定程度上讲，对预算外资金进行管理和规范时对单位既得利益集团的威胁，在实施的过程中必将会受到多方的阻碍。加之人们在观念上对预算外资金的管理和规范的认识方面存在着一定的偏差，同时在管理方面缺乏应有的刚性，容易导致管理关系的欠规范。违纪检查的力度不够、处罚不到位等，都容易导致一些单位存在着侥幸、钻漏洞的心理，容易出现“上有政策、下有对策”的违纪现象。
三、行政事业单位预算外资金问题应对策略
当前形势下，由于国家预算外资金的性质发生了根本的变化，预算外资金的管理权限属于国家，因此在针对预算外资金的管理过程中，应该采取一些针对性的措施予以解决。
(一)建立健全各项财务规章制度
加强制度建设，明确各种收入的项目及费标准，对各单位的收费管理，一律实行收支两条线，严格收入渠道，以防乱收乱摊，坚持定期检查、定期审计。
(二)采用信息手段，实现预算外资金管理工作的网络化
在进行预算外资金的管理过程中，其中的一项重要工作就是要进行预算外资金收入方面的管理工作，实现应收尽收的目的。在管理的过程中，应该将收费票据作为监管的源头，在现代信息网络的基础上，将财政票据的信息功能赋予到其中，然后在利用收费单位、代收银行以及财政三者之间的信息网络管理系统来建立起一个“单位开票、银行代收、财政统管”的，针对预算外资金的预算外资金管理体系。同时，这样还极大的提高了财政部门对预算外资金管理的力度以及管理效率，有效的遏制了那种巧立名目、自立收费标准以及自立收费项目的行为。
(三)构建法制化的预算外资金的运行体制
与预算内资金相比较，其既有一致之处，同时也存在一定的差别。一致之处在于对象都是财政资金。而本质的区别在于，对于一个行政单位而言，预算外资金的收支都是有联系的，行政单位在收缴这部分资金时，也会关心自己单位支出的多少以及支出的方式。而预算内资金的收支情况则和单位是没有瓜葛的。这在一定程度上要求在建立预算外资金的收入机制时应该与支出机制相联系，同时既要做到施加动力和压力，同时也要实施激励和约束。通过保护合法收入、制止乱收费的现象来对预算外资金的收入进行控制。对合法收费任务应该进行明确的规范，通过制定科学有效的激励机制来防止乱收费以及交叉收费的问题，避免之前预算外资金的所有权、使用权的单位任意收费、任意支出，有效的制止
了乱开口子的显现。
(四)形成一个实时高效的预算外资金监督机制
预算外资金的管理应该在一套组织严密、管理方式科学的监督机制下运行，否则盲目的自我组织和管理将使得资金难以得到有效的控制。在对预算外资金监督机制建设和完善的过程中应该重点对管理过程中暴露出来的问题进行管理，诸如：监督机制不健全，监督力度弱化等。在建立和完善的过程中就应该通过完善的规范管理、健全财经法规和加大监督力度等方式来形成一个合理的体系。考虑到预算外资金点多、面广以及情况较为复杂等特点，应该通过监督来发现其中存在的相关问题，并予以及时的改进，从而促进管理工作的逐步完善。再次，还应该做好体制的自我约束功能的建设工作，因为在建立资金的监督体制之后，财政部门既作为管理部门，同时又作为监督部门，其权利增大的同时也导致了责任的增大，进行自我约束就尤为必要，否则将容易出现问题。
从2002年起至今，国家实施“收支两条线”的预算外资金管理逐步被“非税收入”所取代，到 2011年《预算法》修正案的出台，我国即将所有政府收入全部纳入预算管理，全面取消预算外资金。
