多年来，我国建成了部门预算、政府采购、国库集中支付制度三位一体的公共财政框架。2006年财政部门提出了部门预算，提高了预算的透明度和管理水平，也在相当程度上对政府、财政及部门的行为起到了规范和制约作用。为了更好推进公立医院改革，进一步完善医改“十二五”规划，2012年是新的《医院财务制度》和《医院会计制度》实施工作的第一年，又是新旧会计制度衔接的一年，如何做好医疗机构部门预算管理意义非凡。
一、目前我国医疗机构预算管理存在的问题
（一）部门预算编制与预算执行脱轨，主观随意性很强
部门预算编制经过“三上”“三下” “一上”从8月开始到“三上”12月下旬，人代会审查批准政府预算后1个月内，省财政厅批复省级各部门预算（“三下”）。应该有充分的时间细化完善提高部门预算的完整性和准确性。但在实际工作中,一些科室对采购需求不认真的填列购置计划，局限填完应付了事，导致在编列年度采购计划时没有考虑其需求,可是在预算期内又突然提出临时购置要求,打乱了预算计划，考虑急需不得不予安排资金,而有的科室在预算中填列了购置计划，中途更换设备，主观随意性很强，从而导致盲目的采购，达不到部门预算目标。
（二）编制政策、资料依据掌握不全不准
安排预算时必须依照法律、政策编制预算，但不少部门对政策法规的掌握不是特别清楚、准确、全面，个别重视不够，基础数据不实，例如对于人员经费开支规定，工资性支出中在职人员工资和临时工工资有什么区别，由于现行体制医院人员类别有多种，有编制内人员、 有聘用的临时专业技术人员、还有招聘的长期合同工、临时工、返聘的退休人员等，人员经费支出预算填列口径五花八门，更有甚者扩大开资范围，影响了部门预算执行的合理性。
（三）很多部门未设预算管理机构、设预算管理机构的预算制度形同虚设
预算管理机构应设在财务科，以财务科为核心负责部门预算管理、组织、协调工作, 自上而下各相关职能部门对预算实行归口管理, 责任到人。但在实际工作中很多部门没有设预算管理机构，设的也形同虚设, 制度建设相对健全、完善，但有章不循、制度落实不到位的现象也时有发生，预算管理机构只是设在财务科, 没有提升为全院管理行为，对预算资金相应的事件进行事后监管，及时处理的时效性差，起不到实质性作用。
（四）部门预算与实际发生偏差,失去了预算管理的严肃性
有些部门预算安排仍然采用估算，合理性差，导致部门预算与实际发生有偏差。目前招待费按公务费2%编制，不能满足需要，随着部门间跨地域的业务交流活动的增多，招待费需求加大，为兼顾标准一些单位多采取在会议费、培训费中列支，造成核算不实，存在随意性，失去了预算管理的严肃性。
（五）人大对部门预算做不到的有力的监督
由于人大审议部门预算的时间有限，要想认真、逐项地审议部门预算很难做到，只能对预算进行总体性、一般性审查，最终流于形式上的程序性监督。在预算的执行过程中难以开展经常性的监督，难以对预算的执行情况进行全方位的跟踪监督。
（六）没有建立对部门预算编制质量和项目绩效的考核机制
尽管2006年部门预算在全国各医院已经推开，但部门预算的编制质量差，部门决算同年初部门预算的差异程度多大，同时，部门预算特别是项目支出预算尚没有建立起有效的绩效考评、追踪问效机制，在具体编制过程中，由于项目缺乏可比性，可行性论证也不够充分，难以做到分清轻重缓急。
二、完善医疗机构部门预算管理制度
（一）做好年终决算编审工作
做好年终决算编审是预算的有效手段，各医院经营状况、资产情况、人员信息等等是部门预算的真实情况反映，通过年终决算 发现预算中不足，不断强化预算，真实、完整、可靠把所有预算全公开。
（二）控制支出，坚持用绩效预算来优化基本支出预算，优先安排重点建设项目预算
预算控制要求医疗机构加强部门预算编制、执行、分析、考核等环节的管理,明确预算项目,建立预算标准,规范预算的编制、审定、下达和执行程序, 及时分析和控制预算差异, 采取改进措施,确保预算的执行,遵循统筹兼顾、积极稳妥的原则,充分合理考虑医疗机构的实际情况、资金状况,在资金安排上要对重点建设、 发展的项目给予优先,对不合理的支出结构要进行调整,以实现医疗资源的科学配置。
（三）预算编制必须要细化到具体部门、具体项目，责任到人
预算编制涉及部门医院信息科、人事科、设备科、总务科、病案室等需要协调沟通，建立分工明确、协调配合的工作，责任到人。
（四）建立完备的编制政策、资料数据库，合理测算标准定额
各部门要根据国家现有的经济开支政策和规定，测算部门预算支出，要按照预算年度所有因素和事项，分别轻重缓急测算每一级科目的支出需求。尤其对项目支出，要进行项目论证，测定支出概算，制定并执行滚动项目计划。
（五）建立健全人大预算监督制度
人大的预算审查要在做深做细上下功夫，努力做到由程序性审查逐步变为实质性审查，要采用监督的经常性与突击性相结合，加强预算执行监管。建立重要财经情况报告备案制度和重大支出行为的审查批准制度，结合对预算执行的检查，落实对预算违法行为的法律制裁，增强预算的约束力。
（六）建立激励机制，预算资金与部门工作绩效直接挂钩，推行绩效预算
对发展性项目支出，部门预算编制到具体项目，采用成本―效益分析方法，开展科学的项目可行性论证，编制项目概算，确保有限的预算资金用于最有价值的项目和用途上；同时制定绩效指标体系，将部门经费与绩效直接挂钩，能获得更多的预算拨款，最终实现了预算资金的有效配置。
