《财政部、国家税务总局关于加强教育劳务营业税征收管理有关问题的通知》（财税〔2006〕3号）规定：各类学校（包括全部收入为免税收入的学校）均应按照《税收征管法》的有关规定办理税务登记，按期进行纳税申报并按规定使用发票；享受营业税优惠政策的，应按规定向主管税务机关申请办理减免税手续。各类学校均应单独核算免税项目的营业额，未单独核算的，一律照章缴纳营业税。由此可知，民办学校有办理税务登记、按期进行纳税申报、按规定使用发票、按规定申请办理减免税手续及按规定设置账簿和记账凭证、依法接受税务检查等义务。
　　下面就民办学校常见涉税问题笔者进行了总结。
　　一、未按规定办理税务登记及扣缴税款登记学校的教育劳务实际上也是营业税应税劳务，只不过依法享受免税的优惠政策。再加上学校也可能存在其他非免税的劳务，因此，学校是理所当然的营业税纳税人，故应按规定办理税务登记。
　　此外，学校在向教职工支付工资、薪金时应按规定代扣代缴个人所得税，是法定的扣缴义务人，因此，也应办理扣缴税款登记。
　　二、未按规定申报缴纳营业税、城建税、教育费附加
　　（1）免税教育劳务收入未按规定缴纳营业税。常见的有：超过规定标准（物价局核定的标准）收取种费用、以各种名义收取的赞助费、择校费等超过规定范围的收费。
　　免征营业税的教育劳务收入是指对列入规定招生计划的在籍学生提供学历教育劳务取得的收入，具体包括：经有关部门审核批准，按规定标准收取的学费、住宿费、课本费、作业本费、伙食费、考试报名费收入。
　　（2）存在其他营业税应税行为，未按规定纳税。少数学校存在出租办公用房或营业用房等行为，未按规定缴纳营业税、城建税、教育费附加等相关税费。
　　（3）兼营免税、减税项目的，未单独核算免税、减税项目的营业额，也未一并缴纳营业税。比如民办学校同时从事非学历教育，其取得的收入与从事学历教育的收入未分开独立核算，就应该一并缴纳营业税等相关税费。
　　三、未按规定申报缴纳房产税、城镇土地使用税
　　《财政部、国家税务总局关于教育税收政策的通知》（财税〔2004〕39号）对国家拨付事业经费和企业办的各类学校、托儿所、幼儿园自用的房产、土地，免征房产税、城镇土地使用税。
　　民办学校，关键看它是否是企业办的，如果不是，就不能免缴房产税、城镇土地使用税。
　　四、未按规定申报缴纳印花税
　　《财政部、国家税务总局关于教育税收政策的通知》（财税〔2004〕39号）规定：对财产所有人将财产赠给学校所立的书据，免征印花税。
　　而对学校本身而言，没有相关的印花税优惠政策，应依照《印花税暂行条例》的规定，依法申报缴纳印花税。
　　五、未按规定代扣代缴个人所得税
　　（1）未按规定代扣代缴工资薪金所得个人所得税。具体有：教师代课费、各种论文奖金、中秋节及教师节等节日福利、夏令用品、班主任津贴、假期值班补贴等未并入职工工资薪金所得计算个人所得税。
　　（2）未按规定代扣代缴利息所得个人所得税。部分公办学校为了新建教学楼或其他需要，向职工集资，并按期向职工支付利息，往往未按规定代扣代缴个人所得税。
　　（3）未按规定代扣代缴劳务报酬所得个人所得税。部分学校偶尔聘请其他学校教师、社会知名人士等到学校讲课，在支付给对方报酬时，对达到个人所得税起征点的，很少代扣代缴个人所得税。
　　六、未按规定申报缴纳企业所得税
　　《民办教育促进法》第九条规定：民办学校应当具备法人条件。也就是说，民办学校只可能是企业所得税的纳税人，而不会是个人所得税的纳税人。
　　《民办教育促进法实施条例》第三十八条规定：捐资举办的民办学校和出资人不要求取得合理回报的民办学校，依法享受与公办学校同等的税收及其他优惠政策。出资人要求取得合理回报的民办学校享受的税收优惠政策，由国务院财政部门、税务主管部门会同国务院有关行政部门制定。
　　财税〔2004〕39号规定，对学校经批准收取并纳入财政预算管理的或财政预算外资金专户管理的收费不征收企业所得税；对学校取得的财政拨款，从主管部门和上级单位取得的用于事业发展的专项补助收入，不征收企业所得税。
　　《国家税务总局关于印发〈事业单位、社会团体、民办非企业单位企业所得税征收管理办法〉的通知》（国税发〔1999〕65号）规定：事业单位、社会团体、民办非企业单位的收入，除国务院或财政部、国家税务总局规定免征企业所得税的项目外，均应计入应纳税收入总额，依法计征企业所得税（具体规定了九项免税收入项目）。