会计处理
　　《企业合并准则》规定，合并方以支付现金、转让非现金资产或承担债务方式作为合并对价的，应当在合并日按照取得被合并方所有者权益账面价值的份额作为长期股权投资的初始投资成本。长期股权投资的初始投资成本与支付的现金、转让的非现金资产及所承担债务账面价值之间的差额，应当调整资本公积（资本溢价或股本溢价）；资本公积（资本溢价或股本溢价）不足冲减额的，调减留存收益。合并方以发行权益性证券作为合并对价的，应按发行股份的面值总额作为股本，长期股权投资的初始投资成本与所发行股份面值总额之间的差额，应当调整资本公积（资本溢价或股本溢价）；资本公积（资本溢价或股本溢价）不足冲减的，调整留存收益。
　　还应注意，上述在按照合并日应享有的被合并方账面所有者权益的份额确定长期股权投资的初始投资成本时，前提是合并前合并方与被合并方采用的会计政策应当一致。企业合并前合并方与被合并方采用的会计政策不同的，应当按照合并方的会计政策对被合并方资产、负债的账面价值进行调整，在此基础上确定形成长期股权投资的初始投资成本。
　　差异分析
　　企业长期股权投资的计税成本应当以为取得该项投资所付出的全部代价确定。全部代价包括现金、非现金资产公允价、所承担债务的公允价、所发行权益性证券的公允价值，以及支付的相关税费（不含企业所得税），但不包括应自被投资单位收取的已宣告但尚未发放的现金股利或利润。而该项投资的会计成本是指投资方享有的被合并方所有者权益账面价值的份额。
　　当被投资方用留存收益转增资本（股本）时，投资方只作备查登记，不作账务处理。在税务处理时，应当视同先分配再投资，即转增资本的金额应当视同追加投资，作为投资的计税成本处理。被投资方用资本溢价（股本溢价）转增资本（股本）时，不计入投资方的计税成本。
　　此外，同一控制下企业合并发生的各项直接相关费用（资产评估费等）计入管理费用，税法规定，企业实际发生的咨询费、评估费等在发生的当期据实申报扣除。
　　通过上述比较，两者的差异已显而易见，企业应作好备查登记，在处置该项股权时，按计税成本计算扣除。
　　企业支付的对价包含非现金资产，还涉及下列税收问题：
　　1.以存货（不含开发产品）换取投资，应当视同销售计算增值税。如果是自产应税消费品，还需缴纳消费税。计算增值税时，按同期或最近时期同类存货的加权平均价格计算，如果同期或近期无同类售价，按组成计税价格计算。但计算消费税时，应按最高售价计算。
　　2.以使用过的固定资产（不动产除外）换取投资，如果公允价不超过原价，免征增值税；超过原价，按4%计征增值税并减征50%。
　　3.以无形资产、不动产、投资性房地产向对方换取其持有的第三方投资，应当视同销售计征营业税、土地增值税。
　　如果是无形资产、不动产、投资性房地产直接换取对方公司自身的股权（即对目标公司增资扩股），不征营业税，免征土地增值税。但如果是投资于房地产企业用于房地产开发，或者房地产企业以开发产品对外投资，必须视同转让计算土地增值税。
　　4.以非现金资产对外投资，应当视同销售计算资产转让所得。如果该项所得金额很大，纳税有困难的（内资企业要求占当年应纳税所得额的50%），纳税人可以自主选择按5年平均确认所得。
　　企业以全部资产、负债对目标公司增资扩股，如果能够对被投资方实施控制，属于控股合并，如果不能对被投资方实施控制，属于以非企业合并方式取得投资。无论是否构成企业合并，其所得税处理均按照国税发〔2000〕118号文处理。即资产评估增值不确认所得，其取得投资的计税成本以投资方净资产的历史计税成本确定。
　　长期股权投资计税成本=全部资产计税成本-负债。
　　如果在整体资产投资业务中，投资方取得的非股权支付额（除股权以外的现金、非现金资产、有价证券）占取得股本账面价值的比例超过了20%，投资方应当视同销售处理，资产评估净增值应当确认资产转让所得，该项投资的计税成本应以换出资产的公允价为基础确定。
　　投资计税成本=全部资产公允价－负债－非股权支付额公允价。
　　例：某年6月30日，P公司向同一集团内Q公司收购其持有的S公司100%的股权，并于当日起能够对S公司实施控制。合并后S公司仍维持其独立法人资格继续经营。两公司在企业合并前采用的会计政策相同。合并日，S公司所有者权益的总额为4404万元，P公司净资产6000万元，其中股本4000万元，盈余公积1400万元，资本公积（股本溢价）550万元，未分配利润50万元。P公司向Q公司支付的对价如下：现金3431万元；产成品成本1000万元，公允价1400万元；旧设备原价800万元，累计折旧400万元，公允价500万元；自建房屋原价900万元，累计折旧300万元，公允价值700万元。增值税税率为17%、营业税税率为5%，不考虑土地增值税、城建税和教育费附加。
　　S公司在合并后维持其法人资格继续经营，合并日P公司应确认对S公司的长期股权投资。分录为：
　　借：长期股权投资——S公司4404万元
　　　　累计折旧700万元
　　　　资本公积——股本溢价550万元
　　　　盈余公积——法定盈余公积750万元
　　　贷：产成品1000万元
　　　　　应交税费——应交增值税（销项税额）238万元
　　　　　固定资产——设备800万元
　　　　　固定资产——房屋900万元
　　　　　应交税费——应交营业税35万元
　　　　　现金3431万元。
　　所得税处理：以非现金资产换取股权应当视同销售处理，应调增所得=（1400-1000）+（500-400）+（700-600-35）=565万元。
　　长期股权投资计税成本=3413+1400+500+700+238+35=6286万元。