为了确保新旧制度顺利衔接、平稳过渡，促进新制度的有效贯彻实施，财政部制定了《新旧财政总预算会计制度有关衔接问题的处理规定》 （以下简称《规定》），明确新旧财政总预算会计制度有关衔接问题的相关处理规定。《规定》明确2015年年终结账采用按原制度办理年终转账和结账，按新制度记入新账的办法。自2016年1月1日起，各级财政总预算会计应当严格按照新制度的规定进行会计核算和编报会计报表,按照规定做好新旧制度的衔接。

相关工作包括以下几个方面：一是根据原账编制2015年年终转账后的科目余额表。二是按照新制度设立2016年1月1日的新账。三是2015年年度终了后，原账中各会计科目余额按照本规定进行调整，按调整后的科目余额编制科目余额表，作为新账各会计科目的期初余额。原账中各会计科目是指原制度规定的会计科目，以及按照财政部印发的有关财政总预算会计核算补充规定增设的会计科目。四是根据新账各会计科目期初余额，按照新制度编制2016年1月1日期初资产负债表。

修订后的《财政总预算会计制度》自2016年1月1日起施行。