现行三供一业体制遗留的弊端很多，其中的一些弊端又增加了改革的难度，可以说是相互作用，相互影响。
一、体制弊端
1.拖国企改革的后腿，严重影响市场化进程。作为国企乃至一些事业单位最难收拾的烂摊子，三供一业事务消耗了管理层的许多精力，吞噬了大量企业利润。仅在四川，7户承担三供一业的省属国企2013年现金负担达1.7亿元，几乎是这7户国企当年利润的70%！就全国范围看，央企三供一业年现金负担一度也曾达到当年央企利润的50%，现在虽略有降低，但仍不堪重负。目前国企在职企员工，特别是年青一代怨声载道，很大一个原因就是辛苦赚得的利润有相当大一部分填进了三供一业的“无底洞”，这个“无底洞”是历史形成的，现在要企业自己“买单”，员工当然不满。不仅如此，大量历史遗留、无法安排却又不敢辞退的人员供养、陈年旧账、无休止的利益索取、动辄上访等群体事件以及维稳等事务消耗了企业大量的宝贵时间精力和人力财力，导致国企改革步履艰难，本应承担有限责任的企业法人却成了负担无限责任的政府部门，严重影响企业的市场化进程。
2.固化依赖心理，阻碍“企业社会”向“公民社会”转型。长期的、包罗万象的供养一方面形成了部分国企职工的依赖心理，缺乏独立性创造性，经不起改革风浪；另一方面，从生到死都活在企业中养成了一些人向企业无休止索取的思维定式，形成了既得利益只能增加不能减少的“棘轮效应”，职工变成了永远也长不大的孩子，始终认为自己是“企业的人”，既不会在市场经济的商海浪花中生存，也不会依法维权，遇到问题就到单位闹或到政府部门上访，为了维稳，企业一般会答应这些不当诉求，这让遵纪守法、认真履职的职工反而处在不公平的地位，也令法律和政策蒙羞。这种状况不改变，国家很难从“企业社会”向“公民社会”转型，市场经济也难以真正取代计划经济。
3.加剧收入分配的两极分化，影响社会稳定。存在于大型国企中的免费或廉价水电气及住房，看似企业行为，实则不然。国企是全体人民的财富，是国家用纳税人的钱投资建立起来的企业，代理人民管理这些企业的高管或在这些企业供事的职工并无擅自分配企业利润的特权，激励机制或职工福利应该依据相应的政策法规规范执行。然而现实中，一些国企乃至事业单位却总有变相分配企业财富的冲动，有意无意地把三供一业当成了职工隐形福利，既缺乏法律政策依据，也滋生了市场主体的身份等级，有悖于市场经济法理，由此形成的“身份福利”人为地制造了国企与私企之间的不平等，对多种经济成分共同平等地发展非常不利，特别是在改革敏感时期，很容易招致人民群众的烦感，损害政府形象，影响改革深化与社会稳定。
二、改革难点
作为本轮国企“去社会化”的重点，三供一业改革难点主要是困难叠加、社会移交费用巨大和供养离退休人员负担较重。
1.改革困难叠加。如前所述，东部地区三供一业负担较少，而东北和中西部地区等老工业基地比较突出，在资源枯竭地区还涉及棚户区及职工住宅水电改造等民生任务，企业和地方政府都很艰难。尤为突出的是，由于体制性和结构性矛盾，恰恰是在国企自办三供一业较多的中西部地区和东北老工业基地，并存企业设备和技术老化，竞争力下降，就业矛盾突出，资源性城市主导产业衰退，与东部沿海地区差距不断扩大等难题，已经错过了最佳的改革时机。一边是三供一业负担沉重，另一边是企业严重衰退，地方财政困难，彼此困扰，相互影响，恶性循环，叠加效应日益显现。
2.移交费用巨大。许多企业自办的三供一业设施陈旧，维修保养严重欠账，很多管线超期服役，许多发电制气设备严重老化，加上体制机制僵化，发电制气成本高昂，既无力竞价上网供电，也不被地方燃气部门及市场所接受；许多住房已成危房，家属宿舍成为弃管小区，附属设施均需大修，这种情况下谁也不敢轻易接盘，而如果改造大修后再移交则费用惊人。如四川省属国企三供一业改造移交费用需14亿元，而黑龙江龙煤集团移交费用竟高达43亿元，是每年现金补贴的数倍甚至数十倍。从全国来看，粗略统计这笔费用可能会达到上万亿元。
3.离退休人员负担较重。在老工业基地，特别是在一些资源型老国企，存在大量离退休人员，其中不少离退休人员养老金个人账户长期“空转”，属地不愿接收，离退休人员供养无法社会化，如黑龙江龙煤集团有23万离退休职工，管理人员多达3300人，每年费用高达1.8亿元。不仅如此，随着离退休人员逐渐年老多病，医疗支出也越来越大，加上不断有新人加入离退休行列，而离退休人员的自然减少又是一个非常缓慢的过程，导致企业负担越来越重。