2016年7月，国家把原农作物良种补贴、种粮直补、农资综合补贴等农业三项补贴合而为一，统一改称“农业支持保护补贴”。同时，专门将原农资综合补贴的20%资金专门拿出来用于支持粮食规模生产。
一、农业三项补贴的实施情况
2002年起我国对大豆主产区黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古实行农作物良种补贴。2009年起对全国小麦、玉米、水稻、棉花等实现普惠式农作物良种补贴。2004年起改变过去统购统销、补贴粮食流通企业的做法，对种粮农民实行直接补贴，同时，对购买特定农业机械设备的农户实施了农机购置补贴。2006年起又增加了农资综合补贴。农作物良种补贴、种粮直补、农资综合补贴成为新世纪以来我国农业补贴的主要组成部分（见表2）。
三项补贴设置本意促进粮食生产，补贴办法有按照农户计税面积（农村税费改革确定的面积）、农户计税产量（农村税费改革确定的产量）及农户实际粮食种植面积三种标准发放。实际操作中，由于6亿农民面广量大，同时要求在较短时间内完成发放，一般操作中基本按照农户计税面积发放，很少考虑农户产量及农户是否实际种植，有承包土地就有补贴。实际上变成了一种普惠式补贴。对于承包土地转包给他人的，实际上土地流转后三项补贴仍发给原土地承包户，相应的土地流转农户并未能享受到农业三项补贴。
二、农业三项补贴实施中存在的问题
1.我国农业三项补贴对于农民收入贡献不大，特别是在经济发达地区效果更是有限。我国农业三项补贴呈现逐年上升态势，特别是农资综合直补力度不断加大。但是人均补贴额在最高年份占农民人均纯收入的3.3%，平均只占人均纯收入的1.9%，对农民增收贡献有限。
2.我国农业三项补贴并未与粮食产量（规模）直接挂钩，不利于稳定粮食生产，不利于促进规模经营。考察世界发达国家的农业直接补贴，不管是挂钩或非挂钩，粮食产量都是农业补贴一个重要评价依据。农业补贴与粮食产量挂钩，对一般农户影响不大，受影响最大的是专业大户等规模生产经营主体。从欧盟的情况来看，大农场主人数仅占农民的5.6%，因其土地规模大、产量大获得欧盟近一半的农业补贴，大大提高了其生产积极性与农业现代化水平。
表2 我国农业三项补贴资金及其占农民人均纯收入的比例 （单位：亿元/元/%）
年份 粮食直补总额 农资综合
直补总额 农作物
良种补贴 合计
总额 人均补贴 人均
纯收入 人均补贴占
人均纯收入比
2002 1 1 0.2 2476 0.008
2003 3 3 0.5 2622 0.01
2004 116 32.4 148.4 24.7 2936 0.8
2005 116 41.4 157.4 26.2 3255 0.8
2006 142 125 43.4 310.4 51.7 3587 1.4
2007 151 276 58.4 485.4 80.9 4140 1.9
2008 151 482 109 742 123.7 4760 2.6
2009 151 716 154.8 1021.8 170.3 5153 3.3
2010 151 716 154.8 1021.8 170.3 5919 2.9
2011 151 835 154.8 1140.8 190.1 6977 2.7
2012 151 835 154.8 1140.8 190.1 7917 2.4
2013 151 1071 154.8 1376.8 229.5 8896 2.6
2014 151 1071 154.8 1376.8 229.5 9892 2.3
2015 160 1305 154.8 1619.8 269.9 10772 2.5
三、农业支持保护补贴的改进方向
农业三项补贴之所以效率不高，主要原因为现行普惠式的补贴重在公平，原则上只要有承包土地的农民都进行补贴，未能重点惠及从事规模生产的新型农业经营主体，其直接的政策后果就是粮食生产远未实现适度规模经营，同时庞大的农村人口决定了普惠式农业支持必然面临“僧多粥少”的财政困境和激励难题。因此，未来农业支持保护补贴改革的重点不应是价格支持，而应该是在提高补贴效率方面下功夫，关键在于通过政策带动发挥新型农业经营主体和粮食主产区的比较优势，从根本上提升我国农业的国内外竞争力。这样，一方面，不必面临补贴总额连年上涨的财政刚性压力，另一方面，只要保持补贴适度的稳定增长，就可以稳定粮食生产，实现规模经营。