中国特色政府财务报告审计制度尚在健全完善中，一些关键问题亟待研究解决。结合中国的法律及制度环境，按照“谁来审—审什么—怎么审”的主线，探讨了政府财务报告审计主体及独立性、审计内容、审计思路及方式方法。研究认为：审计主体应由国家审计机关主导，购买社会审计要限定审计对象范围、创新审计费用支付、加强审计质量控制；有必要组建国家、省、市、县审计委员会，由全国人大和地方各级人大产生，各级审计机关可作为同级审计委员会的决策执行机构，不再向同级人民政府负责，业务运行独立于政府体系，时机成熟时再从政府序列撤销；暂不审计财政中长期可持续性，先审计两大核心财务报表，重点关注基础信息的完备性、抵销的充分性和调整的准确性，有无利用抵销阈值操纵盈余的行为，政府会计准则制度完备后，再审计政府财政财务管理情况及其他事项；要结合运用统计抽样、判断抽样方法，推进政府财务报告大数据审计，实现上下级财政之间、同级财政与预算单位之间的会计数据关联。