目前，虽然现行的一些会计相关法律法规的适用范围包括了科研事业单位，但是侧重点却基本放在企业方面。另外，在科研事业单位中，内部控制也没有与业绩考核很好地挂钩，缺乏约束力。因此，为建立和完善科研单位内部控制制度，需加强以下措施。
　　 区分单位的支出，加强对成本的核算。首先，单位应明确成本核算对象。一般说来，科研事业单位应以科研课题或部门为成本核算的对象；其次，要正确划分成本与费用之间的界限；再其次，要分清生产费用与产品成本之间的界限，明确生产费用与一定的时期相关联，而与生产的产品无关；最后，还要认真分清生产费用与期间费用的界限，明确生产费用记入产品成本，期间费用直接记入当期损益。而且，期间费用还必须进一步划分为管理费用、营业费用和财务费用。
　　 逐步将科研事业单位会计制度与企业会计制度合二为一。随着市场经济的深化，科研事业单位的投资主体已发生变化，科研事业单位会计与企业单位会计的差别在缩小。首先，两者的会计目标逐渐趋于一致。作为科研事业单位，其接受其他单位的投资，必须满足债权人对科研事业单位经营情况和利润情况了解的需求，要提供给债权人科研事业单位的偿债能力信息以及自身发展状况等信息。其次，两者的业务内容趋于一致。科研事业单位一般实行“核定收支、定额或者定向补助、超支不补、结余留用”的预算管理方法，且每年都会收到国家的科研经费投入。而科研单位通过科研活动又能把科技成果转化为生产力，创造经济效益。所以，可以将其作为企业的业务类型来对待。最后，在会计科目的设置、会计要素的确认、计量等方面，两者也具有一致性。
　　 这些都为科研事业单位会计制度与企业会计制度合二为一提出了可能。
　　 明确各项会计人员职责，提高会计人员业务素质。在新《会计法》中规定：记账人员与经济业务事项和会计事项的审批人员、经办人员、财务保管人员的职责权限应当明确，实行岗位分离、相互制约的机制。因此，在科研事业单位内控管理中，首先应明确会计人员的职责。其次，财会工作是一项专业性很强的工作，没有一定的业务水平和职业道德难以胜任。因此，当前进行内部控制的重点应是尽快提高会计人员的职业道德和业务素质。需要经常通过业务培训和基础工作建设，提高单位会计信息的真实性和准确性。
　　 建立和健全单位内部的会计审计制度。单位内部审计制度是加强内部会计监督，提高会计信息准确性和可靠性的有效手段。在科研事业单位的审计中，要将原始凭证、记账凭证、会计报表、账簿等作为审计对象，以对内控制度执行情况进行检查作为审计的目标，从而监督单位内部的各项规章制度和措施的实施情况。在审计工作中，首先要及时了解实践中存在的各种问题，并积极反馈给单位领导，以提高单位的管理效率，以便进一步完善制度。其次，要认识到内部会计控制制度涵盖着单位中所有参与经济活动的部门和人员，涉及的单位内部管理和会计核算基础最终是对人和事的管理和约束。最后，在建立内部会计控制制度时，还必须控制好内部会计控制、管理成本、单位利润三者间的关系，认识到内控制度的效果与工作效率成反比，与管理成本成正比。
　　 因为内控制度建立越完善，效果就越明显，但相对的工作效率就会低一些，并且随之带来的管理成本必定会提高。所以，在制定内控制度时，必须找出上述三者的平衡点。