一、 关于公立医院定位的分析
因为会计是组织经济交易行为的反映，所以可以说公立医院的定位分析是制定会计制度的基础，
从未来的发展分析，公立医院仍然应确定为具有相对独立运营权的经济实体，国家不可能参与医院的日常运营和管理，只可通过政策法规规范医院的行为，如药品和设备的集中采购、药品的售价、单病种价格限制等，参与医院的本身管理，只可能导致效率低下，成本猛增。
二、会计科目的设置是否意味限制公立医院的经济行为
1、会计科目未设立“短期投资”，是否意味医院不可以利用闲置资金进行投资风险低流动性高的金融产品如国债；实际情况是许多公立大型医院有非常高的货币资金，如笔者所在的城市，最高达1亿多元，但如果公立医院进行此类活动，如何核算？
2、 会计科目未设立“应付票据”，是否意味医院不可以利用票据进行经营活动，现实的情况是，扩张的大型医院存在通过开具票据缓解资金压力的情况。
三、部分科目核算方法或定义的不合理
1、药品采用个别计价法核算是否可行
尽管现在大部分医院采用了计算机系统来管理药品，从理论上来讲，给药品采用实际成本法核算奠定了基础，但药品的发出采用个别计价法来核算，如果要求对具体的每个药品的发出采用该方法，势必造成发药效率低下，因为同一种药的生产批次不同，价格可能不同，同次发药可能发出了不同批次，因此，建议采用药品采购实际成本法计量，每种药品的计量应采用移动平均法进行计量。
2、长期投资采用成本法核算
首先，疑问是医院是否可以对外进行股权投资，从未来的发展方向分析，我认为医院可以投资成立与自身业务紧密联系的公司，但应禁止投资办理其他业务，如许多医院存在投资办理后勤服务公司、卫生服务部等，对该服务类公司从管理的角度，采用权益法核算更加合理，采用成本法核算可能导致投资损失而不知道等情况。另外，应禁止长期投资债权行为。
3、 固定资产以2000元标准定义不妥
制度征求稿中定义：“固定资产是指医院持有的预计使用年限超过1年、单位价值在2000元以上、在使用过程中基本保持原有物质形态的有形资产。”对于固定资产不限定其价值，就本人审核医院的资产管理情况分析，发现大部分医院对低于标准但使用超过一年的设备未进行有效管理，如冰箱、微波炉、饮水机等，建议使用《企业会计准则》中的定义，更加合理和利于管理。
4、基建工程和在建工程的定义
制度征求稿中，区分基建工程和在建工程中建筑工程的依据为资金来源是否为“基本建设项目资金”，该种依据资金来源区分资产类别的方法显然认为资产类别与资金来源的存在必然联系，实际上，医院的建设项目资金来源也是多种途径，如流动资金、借款、捐赠等等，如果按此区分，不仅限制资金管理和使用，也可能导致科目混淆。
另外，如何定义“基本建设项目资金”，是依据何部门的文件，必将导致更多的概念混乱。
5、其他业务收入和其他收入的定义
制度征求稿中，采用了列举法进行区分两者的定义，现实业务活动中，靠该方法定义必定造成遗漏，从字面理解，也容易造成混淆，建议合并为同一科目。
四、经济交易行为处理的不合理
1、对于“基建拨款”和限制性捐赠的处理作为收入类项目不合理
对于“基建拨款”作为收入类项目，应是站在医院非独立经济实体的角度来定义，另外，该科目发生额年末转入“累计盈余”更加不敢苟同，因为，该盈余并非医院的经营性补助收入或经营性收入，而是国家投入的资本，虚增了盈余，掩盖了管理低下，从管理医院的角度出发，在净资产核算更加合适，可直接作为国家投入基金。
2、关于预算业务的核算
制度征求稿中，定义了预算会计，并规定“本方法下，医院应当设置如下预算会计科目，按照与预算相一致的基础和口径，与财务会计科目平行登记”，创造性地将管理会计与财务会计进行糅合，但笔者实在不能认同，该处理的违反了《会计法》，原因在于该处理并无原始凭证的支出，另外，也增大了会计处理的业务量，容易造成业务处理混乱。
五、其他问题
对于混合所有制医院，如何进行资本投入、资本回报等业务如何处理，现实中已经存在，应积极考虑