一、《指引》和《办法》的相同之处

（1）研发活动范围基本相同。《指引》和《办法》中均规定企业从事的研发活动必须属于《国家重点支持的高新技术领域》，《办法》中还要求必须同时属于国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南》规定的范围，两者基本相同；（2）研发项目的确定基本相同。《指引》中的研发项目是指“不重复的，具有独立时间、财务安排和人员配置的研发活动”；《办法》中规定的研发项目是由企业总经理办公会或董事会以决议文件形式批准立项的研发项目，两者实质基本相同，角度不同；（3）账簿设置基本相同。《指引》和《办法》中均要求企业必须建立研发费用投入核算体系，对研发费用实行专账管理，建立专项明细账；（4）科目设置完全相同。两者均须按照会计准则规定设置核算研发费用的会计科目；（5）费用归集方式基本相同。《指引》和《办法》中均规定企业应按照不同研发项目分别归集直接费用和可以计入的间接费用；

二、《指引》和《办法》的不同之处

（一）比例不同

《办法》没有比例限制，而《指引》中限制比例较多，如：

（1）人员比例要求具有大学专科以上学历的科技人员占企业当年职工总数的30%以上，其中研发人员占企业当年职工总数的10%以上；

（2）研发费用比例要求，近三个会计年度的研究开发费用总额占销售收入总额的比例符合如下要求：

①最近一年销售收入小于5,000万元的企业，比例不低于6%；

②最近一年销售收入在5,000万元至20,000万元的企业，比例不低于4%；

③最近一年销售收入在20,000万元以上的企业，比例不低于3%。其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%；

（3）高新技术产品（服务）收入占企业当年总收入的60%以上；

（4）企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%；

（5）其他费用比例要求不能超过总研发费用的10%。

（二）范围不同

《办法》规定的抵扣范围采用列举法，没有列举到得费用是不能抵扣的，《指引》没有明确要求。

（1）在人员人工费用规定方面，《办法》所列人员人工费用为在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴，而不包括《指引》所列的与任职受雇相关的其他支出，如企业为研发人员缴纳的五险一金支出等；

（2）在折旧费用方面，《办法》所列折旧费用为专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费，而《指引》包含研究开发项目在用房屋建筑物的折旧费用，以及研发设施改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用；

（3）在其他费用方面，《办法》所列其他费用包括技术图书资料费、资料翻译费、研发成果的论证、评审、验收费用，而不包含《指引》所列办公费、通信费、专利申请维护费、高新科技研发保险费等；

（4）委托外部研发时，《办法》要求对委托开发的项目，受托方应向委托方提供该研发项目的费用支出明细，否则，该委托开发项目的费用支出不得实行加计扣除，而《指引》对此没有要求;

（5）合作开发项目，《办法》规定，对企业共同合作开发的项目，由合作各方就自身承担的研发费用分别按照规定计算加记扣除，而《指引》对此却没有明确规定。

（三）备案资料不同

《办法》要求向主管税务机关报送资料时，应提供省及省以上经贸、科技相关部门文件、计划或建议书，且该文件、计划或建议书，应能证明研究开发项目属于《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南(2007年度)》范围，并达到省内技术和工艺领先、具有推动作用，但《指引》对此没有要求；

另外，国家政策中（《指引》）还有不明确和不太合理的地方。比如研发投入必须占销售收入的一定比例中的“销售收入”，究竟是指主营业务收入还是指营业收入；还有就是当年销售收入在20,000万元以上的企业，研发投入占销售收入的比例不低于3%。2个亿的销售收入与20个亿、200个亿的销售收入相差巨大，但研发投入的比例要求却相同，似乎不太合理。

从以上两个文件的分析比较可以看出，《办法》规定的可加计扣除的研究开发费用与《指引》所归集的研究开发费用存在很大的差异。按《办法》归集的研究开发费用的口径大大小于按《指引》要求归集的研究开发费用，这些费用的扣除都非常强调相关性原则，即只有与研究开发活动直接有关的费用才能加计扣除。因此，高新技术企业进行研究开发费用加计扣除和高新技术企业备案时必须加以注意，一定要严格按照《办法》和《指引》的不同要求分别整理资料进行备案，否则存在潜在的风险，尤其是现在《办法》和《指引》都采用备案制，备案制与审批制存在着实质性的差别。