何谓内部控制制度，就是单位为了确保会计信息的准确可靠，为了保证物资财产的完整安全，提高经济效益，贯彻管理方针，以职责分工为基础，建立对单位内部实行的各种经济业务活动进行协调和制约的一系列内部管理制度。医院的内部控制制度是医院实现科学管理、安全经营、效益增长而以制度形成的自我调节、自我约束、自我控制的制衡机制。医疗市场日趋激烈的竞争事实，社会主义市场经济的深入发展，都需要医疗机构立足自身生存和发展的实际，建立健全内部会计控制制度，为保持医院强劲发展势头、实现科学发展、进行科学管理、提高经济和社会效益创造条件。
　　一、医院内部会计控制存在的主要问题
　　(一)对医院内部会计控制的重要性认识不足
　　在医疗机构的管理中，一些医院目前仍是传统的经验型管理模式，占据主导地位的仍然是管理者的主观随意性，管理者习惯于行政指挥，对内部控制的理论知识和实践经验知之甚少，医院缺乏科学而严格的管理方法和管理制度，有章不循和无章可循的问题较为明显。就会计内部控制制度而言，更是无从谈起，会计内控制度的建立和实施流于纸上谈兵。工作中的具体问题多以灵活性的方式处理，失去了程序性和严肃性。在一些建立了内部控制制度的医院，由于种种原因，也只是流于形式，没有可操作性。造成这些现象的主要原因，是医院的管理者对内部控制的认识不足，组织机构和人员素质也有待提高，这就使得内部控制制度执行乏力，漏洞百出，造成经济和社会效益的损失。
　　(二)缺乏必要的成本控制
　　没有管理的医院是不存在的，一些医院出于自身管理的实际需要，开展了成本核算，这也是一种管理，也可以说是内部控制制度的内容，但仅仅停留在成本核算的水平上，不能说就建立了内部控制制度。成本考核指标体系、成本分析评价体系、成本信息反馈体系，这些系统性的体系还没有建立。而且医院与医院之间的成本没有可比性，就一所医院来说，无统一的、标准的成本定额，这就造成成本控制没有统一的可行的依据和标准。即使是建立了严格的成本核算，也不能说就实行了医院的内部控制制度。而且还有这样一种情况，医院算成本分奖金，导致了超前分配，虚幻的光环严重影响了医院的可持续发展和健康发展。
　　(三)医院预算编制闭门造车,使预算执行困难
　　预算编制是一项严肃认真的工作，需要建立在可靠的依据之上，需要有可靠性和前瞻性。而一些医院的预算编制只是简单地根据上一年的预算数据进行简单的增减，没有对预算的可行性论证，没有对医疗市场变化的科学研究和分析，没有细化到具体的项目和具体的执行部门。这些预算编制的先天性缺陷，无形中削弱了预算的执行力和约束力，造成预算执行困难。表面上的预算管理，预算执行中的主观随意性，使预算执行失去控制，资金运行效率低，造成了医院管理中的盲目性。
　　二、完善医院内部控制的主要措施
　　(一)改变观念,提高认识
　　医院内部控制制度是一套相互联系、相互制约、相互监督的控制系统，是一个涉及医院全部经济活动的全方位的控制体系，医院的各个科室、各个部门、各个层面都要纳入其中，只有全院上下协同一致，才能保证内部控制制度的建立和有效运行。因此，建立和实施医院内部控制制度，需要全院上下转变观念提高认识，为制度的建立和运行奠定基础。作为一所医院的领导层，要立足医院实际，高度重视内部控制制度的建立和运行，医院的各个部门、各个单位都要通力协作，为内部控制制度的有效运行而努力，
　　(二)建立健全职务分离控制与授权批准控制制度
　　职务分离控制，就是在机构设置中，按照定位原则，按照各部门各科室的特点，对经济业务活动划分为具体的工作岗位，使不相容职务相分离，并建立严格的岗位责任制，同时要建立相应的内部约束监督和权力制衡机制，使医院的全部经济工作朝着职责分工、目标定位、相互监督、相互制衡的方向有序高效运转。严密的职务分离控制制度，可以使责权分明，有效地防止漏洞和差错的出现，有效地保护医院资产的安全。授权批准控制制度建立的目的就是划定医院各级各类管理人员的职责范围和和管理权限，明确他们所承担的责任。医院的每一项经济活动，都要恰当授权，不能自作主张各自为政。还要严格界定一般授权和特别授权的范围，审批人员要严格遵守规定，对超越授权范围审批的事项，经办人员有权拒绝办理，及时向上级授权部门报告。
　　(三)建立医院预算控制制度
　　医院经营的的全过程都要纳入预算控制的范围，通过预算编制和预算执行情况的检查，对各单位没有完成预算的原因进行比较分析，及时启动纠错系统，采取改进措施，确保各项预算的严格执行。做好医院预算控制应重点做好以下几个关键环节控制：确定预算的项目、标准和程序;编制和审定预算;预算执行的授权;预算执行过程的监控;预算业绩的考核和奖惩。
　　(四)建立健全内部审计机构,发挥其监督作用
　　造成内部控制制度执行不力的一个主要原因，是单位内部审计机构独立性的缺失。审计机构要能够独立地行使职权，全面公正地对各部门行使监督权。对单位的经济活动和财务收支的合法性、有效性进行严格审核，提出合理化的意见和建议，充分发挥内部监督在日常工作全过程的控制作用。与此同时，要强化单位领导者在审计工作中的法律责任，保证审计资料真实、合法、完整，保证会计信息的真实可靠。
　　(五)建立健全内控制度有效评价体系
　　评价医院内部控制制度，一是健全性，内控制度是否全面建立，各个需要控制的环节是不是有效紧密衔接，是不是采取了控制措施，监督制衡机制是否有效运行；二是适应性，建立的内部控制制度与单位的实际情况是否相适应，内部控制制度能不能得到有效的遵守和执行；三是一致性，单位的总体目标与内部控制制度要相一致，各种控制措施要相配套；四是成本效益性，所建立的内部控制制度所产生的效益是明显的，确定的，符合成本效益原则，但是不能只考虑经济性而不考虑健全性，二者应该实现有机的统一。