专项资金是为完成特定工作任务或实现某一事业发展目标而安排的具有专门用途的资金。从预算管理的角度来说，专项资金是指财政部门或上级单位拨给行政事业单位，用于完成专项工作或工程，并需要单独报账结算的资金，其在整个财政预算资金中占有相当大的比例。近年来，随着国民经济的不断发展，政府投入到各领域、各行业、各重点项目的专项资金越来越多，所占财政预算资金的比重也越来越大，因此，规范事业单位的专项资金核算，对于加强事业单位财务管理，提高财政资金使用效益，强化事业单位的职能有着十分重要的意义。
　　
　　 一、事业单位专项资金管理存在的问题
　　目前，随着事业单位专项资金管理的金额越来越大，在专项资金管理中也呈现出众多问题。
　　(一) 专项资金的管理制度存在漏洞，约束力不强
　　现在不少事业单位专项资金的管理制度存在漏洞，一是管理制度不明确，条款制定得过于笼统，对专项资金管理缺乏力度，造成制度落实不到位；二是管理制度陈旧落后，与单位的实际情况不相符，缺乏可操作性，无法贯彻实施；三是管理制度仅仅是“挂在墙上，写在纸上”，应付检查而已，实际操作起来往往根据习惯性做法操作，“规定一套，执行一套”，使制度流于形式，缺乏约束力。
　　(二) 专项资金的财务控制缺失，财务人员不能充分发挥应有的作用
　　在相当一部分事业单位，财务人员在专项资金的管理中只是承担了会计核算和资金支付等简单的服务性工作，各项支出基本上是实报实销，对项目的决策和实施了解不多，无法根据项目进度合理安排专项资金的使用，难以对各项目的事前和事中进行必要的辅助控制，发挥不了财务人员应有的作用。
　　(三) 专项资金的预算基础组织工作不到位，相关人员的职业素质和业务水平较低
　　在专项资金的预算编制过程中，有些事业单位没有统一的预算编制用表，对基层预算编制人员又没有进行必要的培训，编制的预算格式五花八门，财务部门在汇总时往往费时费力；有些事业单位对专项资金的预算基础工作准备不充分、不详细，制定预算方案时不够认真、严谨，编制的预算并未细化到具体项目；有些事业单位没有针对本单位制定简短精要的预算编制要求，各基层预算编制人员又不愿意花太多时间研究财政部门下发的厚厚一本预算编制说明，最终汇总到财务部门的预算大多无法达到编制要求；有些事业单位参与专项资金预算编制的相关人员职业素质和业务水平较低，对预算编制工作应付了事，无法提供预算编制所需的基础资料。
　　(四) 专项资金的项目管理混乱，预算与执行脱节
　　在实际操作中，不少事业单位存在专项资金的项目管理混乱，预算与执行脱节的现象，如：有的单位不管项目是否能批准，其前期经费都在经常性经费中列支，挤占了经常性经费；有的单位为了争取更多的专项资金而盲目立项，资金到位后就将其挪用到其他项目；有的单位在项目完成立项资金也已到位后，因实际条件发生了变更，并未实际支出，最后该部分专项资金转入单位的其他收入；有的单位项目多、资金量大，随意在各项目资金之间相互调剂、混合使用，导致一些项目未能按预算规定的要求实施；有的单位从单位利益和个人利益出发，认为专项资金“不用白不用”，随意变更项目资金的使用用途；有的单位为了不进行招投标，将项目拆分成若干个小项目，逐个发包，既增加了项目管理的难度，也使项目的整体效果大打折扣。
　　(五) 专项资金的使用不规范，存在滥用、乱用专项资金，造成浪费
　　一些事业单位对专项资金没有进行单独核算，与正常支出和公用支出相混淆，资金使用不规范；少数事业单位的部门预算只管要钱，重复、超标建设项目、购置设备，由于利用率低，造成资产、设备闲置，“花大钱，办小事”，资金浪费的现象比较严重；还有个别事业单位为了未支付的专项资金在年底不被收回，违规采取先付款，后施工的办法，先行支付全额的项目资金，造成专项资金的流失。
　　
　　 二、事业单位专项资金管理问题形成的原因
　　事业单位专项资金管理中存在的上述问题降低了财政资金使用效益，阻碍了事业单位职能的发挥。要想解决这些问题，需要深挖其产生的原因，以便能对症下药改善事业单位专项资金管理效益。
　　(一) 单位主要负责人法律意识淡薄，对专项资金的管理工作不够重视
　　目前，事业单位的主要负责人对专项资金管理存在“重申请、轻管理、轻监督、轻绩效”的问题，只注重项目的申请，却不重视项目的实施和管理，对建立健全本单位专项资金管理制度，规范专项资金使用过程的监督机制，完善专项资金使用效果的绩效评价制度，缺乏足够的重视。
　　(二) 不注重专项资金的财务控制，财务角色被弱化
　　由于事业单位主要负责人对专项资金的财务控制意识薄弱，对财务人员的重视程度普遍不高，财务角色在专项资金的管理过程中被弱化，导致财务职能不能有效实现，影响对专项资金的统筹规划，不利于提高专项资金的使用效果。
　　(三) 专项资金管理的相关人员业务素质有待提高
　　为了加强事业单位的专项资金管理，财务人员作为重要参与者，业务能力和职业素养需进一步提高，尤其是基层财务人员，业务水平普遍偏低，不能按要求核算专项资金，甚至不能合理使用会计科目。相关业务人员如基层预算编制人员，他们大都不是专职从事预算编制工作，因而对专项资金的管理水平参差不齐，需加强学习和培训。还有一些项目管理人员，对项目管理的相关制度和办法不够熟悉，业务素质有待提高。
　　(四) 财政监督及过程管理缺乏力度，对专项资金的项目监管不力
　　财政专项资金管理办法不够健全，尚未做到一个专项资金或一类专项资金一个管理办法，给管理和控制带来不便。同时，财政监督力量不足，方式落后，突击性、专项性检查多，事后检查多，对某一事项和环节检查多，全方位跟踪监督少。对于一些不按预算执行或随意改变项目用途的问题监督缺乏应有的力度，直接影响了财政监督的权威性和有效性。
　　(五) 专项成果管理缺失，缺乏专项资金绩效监督机制
　　财政管理上只管拨款，不问效果，部门和单位只管要钱，不讲效益，投入产出无法直接挂钩，专项成果无从衡量和考核。有效的绩效监督机制尚未完全形成，处于起步阶段，相应的法规制度办法不够健全，使绩效监督工作缺乏制度保障。
　　
　　 三、改善事业单位专项资金管理的措施
　　通过上述对事业单位专项资金管理存在的问题及其产生原因的分析，可以从以下方面改善事业单位专项资金管理。
　　(一) 加强领导的法律意识教育，完善专项资金管理制度，形成有效的专项资金管理机制
　　制度的作用在于指导实践，完善的专项资金管理制度是管好、用好专项资金，提高事业单位发展能力的重要保障。建立专项资金管理制度，应该从专项资金的预算、使用、项目结算及资金使用效果的绩效评价等四个环节进行制度规范，完善并细化各环节的实施办法及操作流程，形成一整套行之有效的专项资金管理机制，从而使项目的开展和专项资金的使用做到公开、透明。
　　(二) 强化财务控制意识，准确定位财务人员角色
　　事业单位应提高对财务工作的重视程度，强化财务管理职能作用，将财务的职能定位于全面参与资金使用的决策与控制。财务人员应该参与到专项资金管理的全过程，对于整个过程进行统筹规划，以保证资金使用的高效率。事业单位要采取各种措施强化单位内部财务部门对专项资金的监管，切实管理好单位的各项资金。
　　(三) 加强预算管理，加强人员培训教育
　　首先在预算编制过程中，应做到立项科学、切实可行、资金安排适当，确保专项资金及时足额到位，满足项目建设的资金需求，应当建立预算编制制度并统一预算编制表格和编制程序，细化预算，使预算支出落实到每一个项目的具体开支上；其次加强对参与专项资金管理相关人员的培训教育工作，要熟悉法律法规，提高政策理论水平，熟练掌握业务知识，提高业务能力，做到依法理财，规范管理，使专项资金预算编制管理的整体水平得到提高。
　　(四) 坚持专款专用原则，强化监督专项资金的项目管理
　　事业单位要对专项资金实行单独核算、专款专用，严格按规定的用途、标准使用和管理专项资金，自觉接受有关部门的监督检查；强化资金管理，建立健全内部监督制约机制，防止和杜绝专项资金使用过程中的违规现象；财政部门要建立专门监督机构的检查与资金管理部门的日常跟踪问效相互结合、与预算编制部门相互协调的财政监督机制，使其对专项资金的监督贯穿于财政活动的全领域、全过程。财政监督方式要走出事后集中性检查的套路，把重心转到事前控制、事中监督上来，实现全方位、多层次、多环节的监督。
　　(五) 实施专项资金绩效评价，促进专项资金规范核算，提高专项资金使用效率
　　专项资金绩效评价有赖于专项资金核算提供的会计信息，而实施绩效评价又能促进专项资金进行规范核算。通过建立专项资金绩效评价分析制度，对提高预算编制科学性和合理性，优化资金结构，规范会计核算，提高资金使用效率，强化监督管理都将起到积极的作用。财政部门应通过绩效评价机制调动事业单位节约资金的积极性。此外，还要根据项目的不同特点设立不同的评价指标，采用科学的方法对专项资金的使用情况进行评价和奖惩，并将考评结果作为以后年度专项资金审批的依据。