水利专项资金实施集中核算是加强水利资金监管的重要措施，实施集中核算对水利专项资金的监督，会计核算
的规范都具有重要作用。
一、水利专项资金集中核算的优势
（一）对财经违纪行为具有预防、制约作用。实行集中核算在建管单位账户、报账、制度等源头上制止工程资金的乱支滥用，将建管单位财务收支全过程置于主管单位的监督之下，增加建管单位在项目支出方面的透明度和自我约束力，有效地控制了腐败的产生。
（二）规范会计基础工作和核算行为能有效提高会计信息质量。对于大部分单位，基建业务不是经常性发生，一旦发生，财务人员对会计核算工作从业务上便无从下手。采用集中核算，可以使建管单位不必担心专项资金核算的专业性，更专注于工程，将为民、惠民工程尽快落到实处。
二、水利专项资金集中核算的弊端
（一）有相对独立的监督条件却无法有效的实施监督。由于核算中心的会计人员独立于建管单位，只能按工程进度到施工现场查看专项资金使用情况，无法真正了解经济事项的全貌，只能通过相关书面资料来审核。因此，克服远离经济事项的真实性是实施集中核算的基本条件。
（二）报账员业务素质参差不齐，制约了集中核算工作的质量。目前，集中核算普遍存在以下问题：（1）无专职报账员；（2）有专职报账员，无从业资格证；（3）报账员实为“跑腿员”。核算中心与建管单位之间主要通过报账员联系，加强报账员职业操守和业务素质是保证集中核算工作质量的必要前提。
（三）核算中心与建管单位在处理监督和服务的关系上难以平衡。尤其是将核算中心设置在主管单位很难找到平衡点，存在着全局意识与制度建设之间的对抗和冲突，以及核算中心与主管单位之间无法很好的沟通和调和。因此，监督和服务的矛盾是集中核算过程中无法回避的主要矛盾。
（四）实行集中核算，水利专项资金的责任主体不明确。集中核算，核算中心的主要职责是对建管单位的账务进行核算和审核，以及相关会计档案的保管。但项目工程支出的执行权仍在建管单位，尽管有些主管单位已将支出的审批权收回，但这与工程建设中“项目法人负责制”相悖，也无法真正熟知建管单位各项支出的真实性和合理性。因此，建管单位仍是事实上的会计活动主体，出现责任主体不清晰等情况。
三、应对措施
（一）建立工程与财务集中统一的财务管理体制，对水利专项资金进行集中管理、统一调度和规范使用。建议有关部门对水利建设单位领导定期培训，强化其财务监管与工程管理并重的思想观念，将财务工作由事后记账变为事前参与、事中控制和监督，把基建财务管理工作由被动转向主动，主动服务、主动监督、主动为领导当好参谋、主动适应新形势的需求。
（二）各级领导切实重视报账会计队伍建设。各级领导要从思想上重视报账工作，建管单位要配备具有相关从业资格证书和职业能力的专职人员进行报账。报账员作为建管单位财务人员，要做好相关备查账和对账事项，掌握一手资料，便于建管处领导及时做出相应决策。
（三）把握好为工程服务和财务监督的辩证关系。集中核算工作既要坚决服从和服务于工程建设，又要科学应对相互配合中出现的困难。（1）坚持财务监督核算中心基本职能的地位。强化财务监管在一定时间、空间内会有效控制腐败的发生，提高资金使用效益，为进一步争取各级项目资金提供强有力的财务保障。（2）坚持创优服务。熟悉工程项目信息，参加工程招标、价款结算、竣工验收、制定办法和重大事项决策等程序，为财务核算管理找准服务点；坚持原则，不放松源头管理，在财务核算方面坚决做到目标不变、标准不降、力度不减。
（四）建立健全核算中心的培训机制和激励机制。集中核算中心会计人员涉及的工程项目多，核算任务重。一方面，加强会计人员职业操守和业务培训，提高他们的服务思想意识和工作能力，适应新形势的需要；另一方面，制定激励机制，激发会计人员的工作热情，以便提供更优质、更高效的服务。
总之，在新形势下，要解决水利专项资金集中核算过程中出现的问题，就必须不断完善和创新专项资金管理模式，才能更严格地核算和监管水利专项资金，实现“专项资金为工程服务、工程为百姓服务”的根本宗旨。