一是任务难完成。其一，工作任务重、审计力量不足。基层县市审计局目前在岗人员一般在30人左右，审计管辖范转内的财政一级预算单位100个左右,具有独立法人的二级单位300个左右,审计人员少、审计任务重。即使审计人员满负荷地工作，一年只能完成50个左右审计项目，难以达到上级提出的“三年一轮审，重点单位一年一审计”的要求。其二，审计人员素质参差不齐，整体水平不高，制约着工作进展。审计局作为地方政府的一个职能部门，没有人事支配权，专业人员进不来，地方的人事安排又必须服从，诸如：军转、复退军人安置、人事调动、领导班子调配等人员都得接受，导致审计人员相当一部分是半路出家，业务知识不强，加之地方财政困难，没有经费安排审计人员培训深造，业务水平提高不快，难以达到新时期审计工作的要求，给审计任务的完成，审计质量的提高带来相当大的困难。

　　二是工作难协调。公、检、法、纪检、监察、审计等执纪执法部门，是监督的重要力量，各方协调配合，应该说能形成强大的监督合力，但在实际工作中，尽管建立了协调机制，可运作起来，有时还难以奏效，依然存在着各敲各的锣，各吹各的号。因为基层财力不足，未能实行严格的部门预算，部门经费存在较大缺口，在工作中既要考虑社会效益，又要考虑经济效益，导致各个部门规定了办案任务和创收任务。为完成各自的任务，就不可避免出现争案源、抢案件、“先下手为强”、相互封锁信息的现象，这既加大了监督成本，影响监督效果，又损坏了执法形象。

　　三是处罚难到位。从理论上讲审计主要是维护国家财政经济秩序，促进廉政建设。因此对审计查出的问题必须依照法规进行处罚，但审计部门手段有限,执行起来困难重重。有的单位强调经济困难不愿处罚，有的单位拖着赖着抵制处罚，有的单位找分管领导打招呼减轻处罚.面对种种情况，审计部门往往显得尴尬和无奈。处罚的软弱性使审计监督的严肃性大打折扣，降低了审计的威信，严重影响了审计目的的实现。

　　四是结果难运用。经济责任审计是新时期下加强对领导干部监督的新举措，审计结果报告以确切的数据和具体的事实评价领导个人任期经济业绩，经济决策能力及廉政状况，这“一定量”分析，是对组织人事部门干部考察“定性”概括的有益补充，对组织人事部门选准用好干部具体重要的参考价值，但在干部选拨任用上，还客观存在着审用脱节的现象，审计结果得不到充分利用。

　　以上问题不有效解决，审计队伍素质和审计质量的提高就难以达到。