一、涉外个人各项所得纳税义务
依据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称《个人所得税法》）第一条及《中华人民共和国个人所得税法实施条例》（以下简称《实施条例》）第六条规定，涉外人员个人所得税纳税义务如下：
（一）居民纳税人
在中国境内有住所，或者无住所而在境内居住满一年的个人，来源于中国境内和境外的所得，需依法缴纳个人所得税。其中，居住一年以上五年以下的个人，其来源于中国境外的所得，经主管税务机关批准，可以只就由中国境内单位或个人支付的部分缴纳个人所得税；居住超过五年的个人，从第六年起，应当就其来源于中国境外的全部所得缴纳个人所得税。
财税[1995]98号文件规定：“个人在中国境内居住满5年，是指个人在中国境内连续居住满5年，即在连续5年中的每一纳税年度内均居住满1年。个人在中国境内居住满5年后，从第六年起的以后各年度中，凡在境内居住满1年的，应当就其来源于境内、境外的所得申报纳税；如该个人在第六年起以后的某一纳税年度内在境内居住不足90天（执行税收协定或安排为183天，下同），可以按《实施条例》第七条的规定确定纳税义务（即在中国境内无住所，但是在一个纳税年度中在中国境内连续或者累计居住不超过90日的个人，仅其来源于中国境内的所得征税，且由境外雇主支付并且不由该雇主在中国境内的机构、场所负担的部分，免予缴纳个人所得税），并从再次居住满1年的年度起重新计算5年期限。
（二）非居民纳税人
在中国境内无住所又不居住或者无住所而在境内居住不满一年的个人，从中国境内取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。
国税发[1994]89号文件规定，在中国境内有住所的个人，是指因户籍、家庭、经济利益关系而在中国境内习惯性居住的个人。所谓习惯性居住，是判定纳税义务人是居民或非居民的一个法律意义上的标准，不是指实际居住或在某一个特定时期内的居住地。如因学习、工作、探亲、旅游等而在中国境外居住的，在其原因消除之后，必须回到中国境内居住的个人，则中国即为该纳税人习惯性居住地。
《实施条例》第三条规定，“在境内居住满一年”，是指在一个纳税年度中（公历1月1日至12月31日）在中国境内居住365日。临时离境的（一个纳税年度中一次不超过30日或者多次累计不超过90日的离境），不扣减日数。
《实施条例》第五条规定，下列所得，不论支付地点是否在中国境内，均为来源于中国境内的所得：
1.因任职、受雇、履约等而在中国境内提供劳务取得的所得；
2.将财产出租给承租人在中国境内使用而取得的所得；
3.转让中国境内的建筑物、土地使用权等财产或者在中国境内转让其他财产取得的所得；
4.许可各种特许权在中国境内使用而取得的所得；
5.从中国境内的公司、企业以及其他经济组织或者个人取得的利息、股息、红利所得。
涉外人员在境内连续居住不满五年纳税义务如下表所示（表一）：
居住时间
纳税人身份
来源于境内的所得
来源于境外的所得
境内支付
境外支付
境内支付
境外支付
不满90日
非居民纳税人
征税
免税
无纳税义务
无纳税义务
满90日不满1年
非居民纳税人
征税
征税
无纳税义务
无纳税义务
满1年不满5年
居民纳税人
征税
征税
征税
免税
例：某外籍人员在境内居住满5年，该5年其纳税义务为“境内外全部所得剔除境外所得由境外支付部分”；第6年在境内若居住满1年，第6年纳税义务为境内外全部所得；第7年在境内居住不满90天，第7年纳税义务为境内所得境内支付部分，且5年期限自未来再次居住满1年的当年起重新起算；若第7年在境内居住超过90天不满1年，纳税义务为境内所得，且5年期限自未来再次居住满1年的当年起重新起算。
二、在我国境内无住所个人工资薪金所得的税务处理
（一）关于工资、薪金所得来源地的确定
依据国税发[1994]148号文件规定，个人实际在中国境内工作期间取得的工资薪金，不论是由中国境内还是境外企业或个人雇主支付的，均属来源于中国境内的所得；个人实际在中国境外工作期间取得的工资薪金，不论是由中国境内还是境外企业或个人雇主支付的，均属于来源于中国境外的所得。
（二）关于判定纳税义务时如何计算在中国境内居住天数问题
根据国税发[2004]97号文件规定，对在中国境内无住所的个人，需要计算确定其在中国境内居住天数，以便依照税法和协定或安排的规定判定其在华负有何种纳税义务时，均应以该个人实际在华逗留天数计算。上述个人入境、离境、往返或多次往返境内外的当日，均按一天计算其在华实际逗留天数。
（三）关于对个人入、离境当日如何计算在中国境内实际工作期间的问题
国税函发[1995]125号文件规定，在中国境内企业、机构中任职（包括兼职，下同）、受雇的个人，其实际在中国境内工作期间，应包括在中国境内工作期间在境内、外享受的公休假日、个人休假日以及接受培训的天数；其在境外营业机构中任职并在境外履行该项职务或在境外营业场所中提供劳务的期间，包括该期间中的公休假日，为在中国境外的工作期间。税务机关在核实个人申报的境外工作期间时，可要求纳税人提供派遣单位出具的其在境外营业机构任职的证明，或者企业在境外设有营业场所的项目合同书及派往该营业场所工作的证明。
不在中国境内企业、机构中任职、受雇的个人受派来华工作，其实际在中国境内工作期间应包括来华工作期间在中国境内所享受的公休假日。
国税发[2004]97号补充规定，对在中国境内、境外机构同时担任职务或仅在境外机构任职的境内无住所个人，在上述规定计算其境内工作期间时，对其入境、离境、往返或多次往返境内外的当日，均按半天计算为在华实际工作天数。
（四）应纳税额计算
1.在我国境内无住所外籍人员工资薪金纳税义务
根据国税发[1994]148号、国税发[2004]97号、国税函发[1995]125号文件，在我国境内无住所的涉外人员取得工资薪金所得应纳税额的计算公式如下（表二）：
居住时间
应纳税额
不满90日（183日）
应纳税额＝(当月境内外工资薪金应纳税所得额×适用税率－速算扣除数)×（当月境内支付工资÷当月境内外支付工资总额）×（当月境内工作天数÷当月天数）
满90日（183日）不满1年
应纳税额＝(当月境内外工资薪金应纳税所得额×适用税率－速算扣除数)×（当月境内工作天数÷当月天数）
满1年不满5年
应纳税额＝(当月境内外工资薪金应纳税所得额×适用税率－速算扣除数)×[1-（当月境外支付工资÷当月境内外支付工资总额）×（当月境外工作天数÷当月天数）]
注：
①上述公式中，凡应仅就不满一个月期间的工资薪金所得申报纳税的，均应按全月工资薪金所得计算实际应纳税额，其计算公式如下：
应纳税额＝［当月工资薪金应纳税所得额×适用税率－速算扣除数］×当月实际在中国天数／当月天数
如果属于上述情况的个人取得的是日工资薪金，应以日工资薪金乘以当月天数换算成月工资薪金后，按上述公式计算应纳税额。
②凡是该中国境内企业、机构属于采取核定利润方法计征企业所得税或没有营业收入而不征收企业所得税的，在该中国境内企业、机构任职、受用的个人实际在中国境内工作期间取得的工资薪金，不论是否在该中国境内企业、机构会计账簿中有记载，均应视为该中国境内企业支付或由该中国境内机构负担的工资薪金。
2.在我国境内无住所个人担任境内企业高层管理人员同时兼任董事的纳税义务
根据国税发[1994]148号、国税函发[1995]125号、国税发[2004]97号、国税函[2007]946号文件，在我国境内无住所的企业高层管理人员兼任董事取得的报酬应纳税额的计算公式如下（表三）：
居住时间
应纳税额
不满90日（183日）
应纳税额＝(当月境内外工资薪金应纳税所得额×适用税率－速算扣除数)×（当月境内支付工资÷当月境内外支付工资总额）×（当月境内工作天数÷当月天数）
满90日（183日）不满1年
应纳税额＝(当月境内外工资薪金应纳税所得额×适用税率－速算扣除数)×[1-（当月境外支付工资÷当月境内外支付工资总额）×（当月境外工作天数÷当月天数）]
满1年不满5年
同上
注：
①中国境内企业高层管理职务，是指公司正、副（总）经理、各职能总师、总监及其他类似公司管理层的职务。
②仅担任境内董事不担任高层管理职务的，其董事费收入按劳务报酬所得征税，其境外支付薪酬需按照“境内无住所外籍人员薪酬纳税义务（表二）”执行。若仅担任境内高层管理职务，且税收协定董事费条款中未明确包括企业高层管理人员的，其境内外薪亦可按照“境内无住所外籍人员薪酬纳税义务（表二）”执行。
（五）关于我国境内无住所个人担任境内企业董事取得董事费收入的补充说明
对于在境内无住所的个人担任境内公司董事取得的董事费收入应按“劳务报酬所得”还是“工资薪金所得”征税问题，根据《公司法》第二百一十六条第（一）项：“高级管理人员，是指公司的经理、副经理、财务负责人，上市公司董事会秘书和公司章程规定的其他人员。”即董事是代表公司股东行使权力，并非企业高管人员。国税函发[1995]125号第三条规定：“企业高层管理职务，是指公司正、副（总）经理、各职能总师、总监及其他类似公司管理层的职务。”由此可见，该规定与《公司法》保持一致，董事不属于企业高层管理人员范畴。实务中应区别情况处理：
（1）在我国境内无住所个人仅担任董事取得的董事费收入
国税发[2010]75号第十六条规定：“第十六条将董事费的征税权赋予了董事所在公司为其居民的国家，即新加坡居民如担任中国境内企业的董事而取得的董事费和其他类似的款项，无论该董事是否在中国境内履行董事职责，中国对此项所得有征税权。所谓‘其他类似款项’包括个人以公司董事会成员身份取得的实物福利，例如，股票期权、居所或交通工具、健康或人寿保险及俱乐部成员资格等。在董事会成员被授予股票期权的情况下，公司居民国有权对构成董事费或类似性质报酬的股票期权利益征税，即使征税时该人已经不再是董事会的成员。”与之相对应的规定是，国税发[1994]089号文件第八条：“个人由于担任董事职务所取得的董事费收入，属于劳务报酬所得性质，按照劳务报酬所得项目征收个人所得税。”
因此，当外籍人员仅担任中国居民企业董事，无论其是否在境内履行职责，取得的董事费收入均需要按劳务报酬所得缴纳个人所得税。
(2）在我国境内无住所个人担任境内企业高层管理职务同时担任董事取得的董事费收入
根据国税发[2004]97号文件第四条第二款规定：“在中国境内无住所的个人担任中国境内企业高层管理职务同时又担任企业董事，或者虽名义上不担任董事但实际上享有董事权益或履行董事职责的，其从该中国境内企业取得的报酬，包括以董事名义取得的报酬和以高层管理人员名义取得的报酬，均仍应适用协定或安排中有关董事费条款和国税发[1994]148号第五条的有关规定，判定纳税义务。”与之相对应的规定是，国税发[2009]121号第二条：“个人在公司（包括关联公司）任职、受雇，同时兼任董事、监事的，应将董事费、监事费与个人工资收入合并，统一按工资、薪金所得项目缴纳个人所得税。”应纳税额的计算公式参见表三。
（六）在我国境内无住所员工奖金的计税办法
对于无住所的外籍人员取得的奖金收入，可适用国税发[2005]9号文件关于全年一次性奖励计税方法计算个人所得税，即纳税人取得全年一次性奖金，单独作为一个月工资、薪金所得计算纳税，并允许将雇员当月内取得的全年一次性奖金，除以12个月，按其商数确定适用税率和速算扣除数。如果在发放年终一次性奖金的当月，雇员当月工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额，应将全年一次性奖金减除“雇员当月工资薪金所得与费用扣除额的差额”后的余额，按上述办法确定全年一次性奖金的适用税率和速算扣除数。
对无住所个人取得除全年一次性奖金以外的其它各种名目奖金，如半年奖、季度奖、加班奖、先进奖、考勤奖等各种名目奖金，如果该个人当月在我国境内没有纳税义务，或者该个人由于出入境原因导致当月在我国工作时间不满一个月的，仍按照《国家税务总局关于在我国境内无住所的个人取得奖金征税问题的通知》（国税发[1996]183号）计算纳税，即“对个人取得的奖金，可单独作为一个月的工资薪金所得计算纳税。由于对每月的工资、薪金所得计税时已按月扣除了费用，因此，对上述奖金不再减除费用，全额作为应纳税所得额直接按适用税率计算应纳税款，并且不再按居住天数进行划分计算。上述个人应在取得奖金月份的次月7日内申报纳税。”
还需注意，国税函[1999]245号文件规定：“在中国境内无住所的个人在担任境外企业职务的同时，兼任该外国企业在华机构的职务，但并不实际或并不经常到华履行该在华机构职务，对其一次取得的数月奖金中属于全月未在华工作的月份奖金，依照劳务发生地原则，可不作为来源于中国境内的奖金收入计算纳税；对其取得的有到华工作天数的各月份奖金，应全额依照《国家税务总局关于在中国境内无住所的个人取得奖金征税问题的通知》（国税发[1996]183号）规定的方法计算纳税，不再按该月份实际在华天数划分计算应纳税额。”
此外，根据国税外函[1997]61号文件规定：“对于在中国境内无住所的个人来华工作后取得的数月奖金中属于到华当月的部分，只要该个人当月在华有实际工作天数（无论长短），根据国税函[1997]546号第二条的规定，可将属于该月的奖金计入应在中国申报缴纳个人所得税的数月奖金，按照《国家税务总局关于在中国境内无住所的个人得奖金征税问题的通知》（国税发[1996]183号）规定的计方法计算征收个人所得税。但该个人在中国境内停止工作时，其离华当月的实际工作天数与上述到华当月的实际工天数相加不足30日的，对其取得的数月奖金中属于离华当月的部分，可不再申报缴纳个人所得税。”
（七）其他税收优惠
根据财税字[1997]144号、财税字[1994]20号、财税[2004]29号、国税函[2001]336号、国税函发[1997]538号、国税函[2004]808号文件规定，对外籍个人的下列所得免征个人所得税：
1.以实报实销形式取得的住房补贴、伙食补贴、搬迁费、洗衣费。
2.按合理标准取得的境内、外出差补贴。
3.取得的探亲费、语言训练费、子女教育费等，经当地税务机关对有效支出凭证等材料确认为合理的部分。其中，探亲费仅限于外籍个人在我国的受雇地与其家庭所在地（包括配偶或父母居住地）之间搭乘交通工具且每年不超过两次的费用。
4.受雇于我国境内企业的外籍个人（不包括香港澳门居民个人），因家庭等原因居住在香港、澳门，每个工作日往返于内地与香港、澳门等地区，由此境内企业（包括其关联企业）给予在香港或澳门住房、伙食、洗衣、搬迁等非现金形式或实报实销形式的补贴（需提供有效凭证，并经主管税务机关审核确认）。
5.驻华机构、使领馆工作人员
对于仅在国际组织驻华机构和外国政府驻华使领馆中工作的外籍雇员，暂不征收个人所得税。在中国境内，若国际驻华机构和外国政府驻华使领馆中工作的外交人员、外籍雇员在该机构或使领馆之外，从事非公务活动所取得的收入，应缴纳个人所得税。
（八）在我国境内无住所人员工资薪金所得的税务管理
1.纳税申报
外籍人员取得的各类所得，由所得支付方为扣缴义务人。对于其取得的工资薪金所得应纳税款，按月计征，由扣缴义务人或者纳税义务人在次月十五日内缴入国库。其中，在中国境内无住所而在一个纳税年度中在中国境内连续或累计居住超过90日（或税收协定超过183日）但不满1年的外籍人员，根据国税发[1994]148号文件规定，其取得的工资薪金所得由境外雇主支付并且不是由中国境内机构负担的个人，事先可预定在一个纳税年度中连续或累计居住超过90日或在税收协定规定的期间中连续或累计居住超过183日的，其每月应纳的税款应按税法规定期限申报纳税；对事先不能预定在一个纳税年度或税收协定规定的有关期间中连续或累计居住超过90日或183日的，可以待达到90日或183日后的次月7日内，就其以前月份应纳的税款一并申报缴纳。
2.纳税地点
根据国税发[1994]089号、国税发[2004]80号文件规定，外籍纳税人临时来华在我国几地工作或提供劳务的，统一按纳税人在税法规定的申报纳税日期时所在实际工作地为申报纳税地，即：在某一地达到申报纳税日期的，即在该地申报纳税。凡由在华企业或办事机构发放工资、薪金的外籍纳税人，由在华企业或办事机构集中向当地税务机关申报纳税。
三、在我国境内无住所的个人获得股权激励的个人所得税处理
（一）非上市公司股权激励
非上市公司授予在我国境内无住所的外籍员工股票（权）期权、限制性股票、股权奖励，符合财税[2016]101号文件相关要求的，亦可享受递延纳税政策，即在取得股权激励时暂不纳税，递延至转让该股权时，以股权转让收入减除股权取得成本以及合理税费后的差额为应纳税所得额，适用“财产转让所得”按20%的税率计算缴纳个人所得税。根据《实施条例》第五条第（三）项规定的收入来源地判断原则，在我国境内无住所的外籍员工转让境内股权时，无论受让方在境内还是境外，均需缴纳个人所得税。
对于不符合递延纳税条件的非上市公司股权激励，仍需按国税发[1998]9号、国税发[2004]80号等文件规定适用工资薪金所得计征个人所得税，并按照其在境内工作居住时间确认纳税义务。个人认购股票等有价证券而从雇主取得折扣或补贴收入，如果数额较大，可由个人自行选择，在不超过六个月的期限内，平均分月计入个人工资、薪金所得计算缴纳个人所得税，同时在纳税申报时应作出说明。
（二）上市公司股权激励
过去，由于外籍员工无法开立A股账户，故A股上市公司对外籍员工实施股权激励计划在实际操作上存有一定的障碍，很多只能采取股票增值权的激励方式。此次新修订的《上市公司股权激励管理办法》（中国证券监督管理委员会令第126号，2016年7月13日颁布）对于外籍员工享受股权激励给予了明确与鼓励。根据该《办法》第八条第一款规定：“…在境内工作的外籍员工任职上市公司董事、高级管理人员、核心技术人员或者核心业务人员的，可以成为激励对象。”第四十五条第二款规定：“激励对象为境内工作的外籍员工的，可以向证券登记结算机构申请开立证券账户，用于持有或卖出因股权激励获得的权益，但不得使用该证券账户从事其他证券交易活动。”
当外籍员工被上市公司授予股票期权等股权激励时，可以根据财税[2005]35号、国税函[2009]461号文件按工资薪金所得计算应纳税额，并按照财税[2016]101号文件在不超过12个月内分期缴纳税款。
根据个人所得税法及其实施条例、政府间税收协定和有关税收规定，在中国境内无住所的个人在华工作期间或离华后以折扣认购股票等有价证券形式取得工资薪金所得，仍应依照劳务发生地原则判定其来源地及纳税义务。国税函[2000]190号文件规定，上述个人来华后以折扣认购股票等形式收到的工资薪金性质所得，凡能够提供雇佣单位有关工资制度及折扣认购有价证券办法，证明上述所得含有属于该个人来华之前工作所得的，可仅就其中属于在华工作期间的所得征收个人所得税。与此相应，上述个人停止在华履约或执行职务离境后收到的属于在华工作期间的所得，也应确定为来源于我国的所得，但该项工资薪金性质所得未在中国境内的企业或机构、场所负担的，可免予扣缴个人所得税。
四、居民纳税人境外所得税收抵免办法
根据《〈中华人民共和国政府和新加坡共和国政府关于对所得避免双重征税和防止偷漏税的协定〉及议定书条文解释》(国税发[2010]75号)、《境外所得个人所得税征收管理暂行办法》（国税发[1998]126号）规定，有来源于中国境外所得的中国居民个人，其来源于中国境外的各项应纳税所得应依法缴纳个人所得税。纳税人在境外已缴纳的个人所得税税额，能提供境外税务机关镇发的完税凭证原件的，准予按规定从应纳税额中抵扣。
（一）适用主体范围
国税发[2010]75号文件规定，中国居民纳税人包括：（1）在中国境内有住所的中国公民和外国侨民。但不包括虽具有中国国籍，却并未在中国大陆定居，而是侨居海外的华侨和居住在香港、澳门、台湾的同胞。（2）在中国境内居住，且在一个纳税年度内，一次离境不超过30日，或多次离境累计不超过90日的外国人、海外侨民和香港、澳门、台湾同胞。
同一人有可能同时为中国和外国居民的，按照下列顺序确定该个人最终居民身份的归属：
1.永久性住所
永久性住所包括任何形式的住所，例如由个人租用的住宅或公寓、租用的房间等，但该住所必须具有永久性，即个人已安排长期居住，而不是为了某些原因（如旅游、商务考察等）临时逗留。
2.重要利益中心
重要利益中心要参考个人家庭和社会关系、职业、政治、文化和其他活动、营业地点、管理财产所在地等因素综合评判。其中特别注重的是个人的行为，即个人一直居住、工作并且拥有家庭和财产的国家通常为其重要利益中心之所在。
3.习惯性居处
在出现以下两种情况之一时，应采用习惯性居处的标准来判定个人居民身份的归属：一是个人在缔约国双方均有永久性住所且无法确定重要经济利益中心所在国；二是个人的永久性住所不在缔约国任何一方，比如该个人不断地穿梭于缔约国一方和另一方旅馆之间。
第一种情况下对习惯性居处的判定，要注意其在双方永久性住所的停留时间，同时还应考虑其在同一个国家不同地点停留的时间；第二种情况下对习惯性居处的判定，要将此人在一个国家所有的停留时间加总考虑，而不问其停留的原因。
4.国籍
如果该个人在缔约国双方都有或都没有习惯性居处，应以该人的国籍作为判定居民身份的标准。
当采用上述标准依次判断仍然无法确定其身份时，可由缔约国双方主管当局按照协定规定的程序，通过相互协商解决。
如果某中国居民纳税人，根据税收协定，同时构成缔约另一方居民纳税人的，则税收协定优先，需根据具体税收协定的约定确定纳税义务。例如，对于受雇所得，国税发[2010]75号文件第十五条解释：“在同时满足三个条件的情况下，受雇个人不构成在劳务发生国的纳税义务。反之，只要有一个条件未符合，就构成在劳务发生国的纳税义务。例如新加坡居民以雇员的身份在中国从事活动，只要有下列情况之一的，其获得的报酬就可以在中国征税：
（1）在任何12个月中在中国停留连续或累计超过183天（不含）。在计算天数时，该人员中途离境包括在签证有效期内离境又入境，应准予扣除离境的天数。计算实际停留天数应包括在中国境内的所有天数，包括抵、离日当日等不足一天的任何天数及周末、节假日，以及从事该项受雇活动之前、期间及以后在中国渡过的假期等。应注意的是，如果计算达到183天的这十二个月跨两个年度，则中国可就该人员在这两个年度中在中国的实际停留日的所得征税。
（2）该项报酬由中国雇主支付或代表中国雇主支付。
（3）该项报酬由雇主设在中国的常设机构或固定基地所负担。如果新加坡个人被派驻到新加坡企业设在中国的常设机构工作，或新加坡企业派其雇员及其雇用的其他人员在中国已构成常设机构的承包工程或服务项目中工作，这些人员不论其在中国工作时间长短，也不论其工资薪金在何处支付，都应认为其在中国的常设机构工作期间的所得是由常设机构负担。但本规定不应适用于被总部临时派往常设机构视察、检查或临时提供协助的人员及活动。”
同理，假设某中国居民以雇员的身份在新加坡工作，构成新加坡居民纳税人的，如不能同时具备下列三个条件，则新加坡有权对该雇员从中国与新加坡取得的受雇所得享有征税权：
1.收款人在任何12个月中在新加坡停留连续或累计不超过183天；
2.该项报酬由并非新加坡雇主支付或代表新加坡雇主支付；
3.该项报酬不是由雇主设在新加坡的常设机构或固定基地所负担。
（二）境外所得抵免计算方法
纳税人从中国境外取得的所得，准予其在应纳税额中扣除已在境外缴纳的个人所得税税额，但扣除额不得超过该纳税人境外所得依照我国税法规定计算的应纳税额。
已在境外缴纳的个人所得税税额，是指纳税义务人从中国境外取得的所得，依照该所得来源国家或地区的法律应当缴纳并且实际已经缴纳的税额。
在实际扣除境外税额时，实行分国不分项的综合扣除方法。在计算出纳税人各国或者地区境外所得已纳税额的扣除限额时，如果纳税人在中国境外一个国家或地区实际已经缴纳的个人所得税税额，低于该国家或者地区的扣除限额的，则应当在中国缴纳差额部分的税款；反之，如超过该国家或者地区的扣除限额的，其超过部分不得在本纳税年度的应纳税额中扣除，但是可以在以后纳税年度的该国家或地区扣除限额的余额中补扣，补扣期限最长不得超过五年。需要强调的是，纳税人在申请扣除已在境外缴纳的个人所得税税额时，必须提供境外税务机关填发的完税凭证原件，复印件无效。
例：我国某居民纳税人2013年1月至12月在A国取得股息分配60000元(人民币，下同)，特许权使用费收入7000元；同时，又在B国取得利息收入1000元。该纳税人已分别按A国和B国税法规定，缴纳了个人所得税6150元和250元。其抵扣计算方法如下：
1.在A国所得缴纳税款的抵扣
（1）股息所得按我国税法规定计算的应纳税额：
60000×20%（税率）＝12000元
（2）特许权使用费所得按我国税法规定计算的应纳税额：
7000×(1-20％)×20％(税率)＝1120元
（3）抵扣限额：
12000+1120＝13120元
（4）该纳税人在A国所得税缴纳个人所得税6150元，低于抵扣限额，因此，可全额抵扣，并需在中国补缴税款6970元(13120-6150)。
2.在B国所得缴纳税款的抵扣
其在B国取得的利息所得按我国税法规定计算的应纳税额，即抵扣限额：1000×20％(税率)＝200元
该纳税人在B国实际缴纳的税款超出了抵扣限额，因此，只能在限额内抵扣200元，不用补缴税款。
3.在A、B两国所得缴纳税款抵扣结果
根据上述计算结果，该纳税人当年度的境外所得应在中国补缴个人所得税6970元，B国缴纳税款未抵扣完的50元，可在以后五年内该纳税人从B国取得的所得中的征税抵扣限额有余额时补扣。
（三）纳税申报期限
国税发[1994]44号文件规定，纳税人来源于中国境外的应税所得，在境外以纳税年度计算缴纳个人所得税的，应在所得来源国的纳税年度终了、结清税款后的30日内，向中国税务机关申报缴纳个人所得税，在取得境外所得时结算税款的，或者在境外按来源国税法规定免予缴纳个人所得税的，应在次年1月1日起30日内向中国税务机关申报缴纳个人所得税。纳税人兼有来源于中国境内、境外所得的，应分别申报计算纳税。”
根据国税发[1998]126号文件，在中国境内有住所，并有来源于中国境外所得的个人纳税人有下列情形的，应自行申报纳税：
1.境外所得来源于两处以上的；
2.取得境外所得没有扣缴义务人、代征人的（包括扣缴义务人、代征人未按规定扣缴或征缴税款的）
自行申报纳税的纳税人，应在年度终了后30日内向中国主管税务机关申报缴纳个人所得税。如所得来源国与中国的纳税年度不一致，年度终了后30日内申报纳税有困难的，可报经中国主管税条机关批准，在所得来源国的纳税年度终了、结清税款后30日内申报纳税。
纳税人如在税法规定的纳税年度期间结束境外工作任务回国，应当在回国后的次月7日内，向主管税务机关申报缴纳个人所得税。
国税发[1994]44号文件规定：“纳税人任职或受雇于中国的公司、企业和其他经济组织或单位派驻境外的机构的，可由境外该任职、受雇机构集中申报纳税，并代扣代缴税款。”另外，根据国税发[1998]126号文件，如果其所得由境内派出单位支付或负担的，境内派出单位为个人所得税扣缴义务人，税款由境内派出单位负责代扣代缴。其所得由境外任职、受雇的中方机构支付、负担的，可委托其境内派出（投资）机构代征税款。这里“境外任职、受雇的中方机构”是指中国境内的公司、企业和其他经济组织以及政府部门所属的境外分支机构、使（领）馆、子公司、代表处等。
（四）纳税申报方式
纳税人在规定的申报期限内不能到主管税务机关申报纳税的，应委托他人申报纳税或者邮寄申报纳税。邮寄申报纳税的，以寄出地的邮戳日期为实际申报日期。