一、绩效审计的难点
　　绩效审计（目前，也有人称经济效益审计），在我国现阶段仍是一个新生事物。无论是理论研究还是实践经验，都较缺乏，因此，在我国现阶段进行绩效审计工作，确实很难。
　　1、绩效审计期望上的难点
　　绩效审计的对象虽然是企业或组织，但是绩效审计报告和文件的利用者、使用者，却具有多元化的特点。无论是企业、事业单位，还是企业员工或“纳税人”以及立法机关对同一个绩效审计报告关心的程度和侧重点的不同，因此，要求绩效审计报告能够得到尽可能多人的认可，确实具有很大的难度。
　　为了解决这个难点，绩效审计项目的选择就显得非常重要。在选择前，绩效审计机构应该进行通盘考虑。应该选择那些人民群众关心的、对社会发展和经济建设具有重大意义的项目；同时，这些项目也应该是政府和立法机关非常关注的；这些项目涉及的资金足够多；管理这些项目具有较大的风险，而其预期的效益、效率或效果却很有价值；这些项目从审计的角度来说，还应该具有可审性。
　　2、绩效审计在评估上的难点
　　绩效评估正确与否，将直接影响绩效审计的正确性。对于被审计对象来说，出于自身利益的考虑，必然会千方百计提出种种证据或理由，来论证所进行活动的科学性、合法性和正确性。由于绩效审计人员的知识结构与被审计对象相关人员知识结构的不同，因此，在实际的审计工作中，就有可能出现“作为内行的被审计人员哄骗作为外行的审计人员”的情况。
　　绩效评估是绩效审计的客观准绳。绩效评估是对被审计对象现实活动所作出的一种实事求是的评论与估价。只有这种评论与估价是准确的，被绩效审计的对象才会口服心服。在绩效审计的的实践中，绩效评估常常是最有争议的领域。如何使绩效评估客观公正，确实是绩效审计中的一大难点。
　　作为绩效评估，必须要运用相应的指标体系，对照统一的标准，按照一定的审计程序，通过定性和定量的对比分析，对实际情况和预期目标进行客观、公正、正确、准确的综合评价。
　3、绩效审计在标准上的难点
　　从绩效审计的实践来看，绩效审计标准一般可以分为两大类。一类是规范化的绩效审计标准，另一类是非规范化的绩效审计标准。
　　应该说，规范化的绩效审计标准并不应该成为审计的难点。因为它涉及的都是政策、法律、法规、制度、相关的程序等具有强制性特点的标准。它们也是被审计对象制定活动规划的基础。因此，在绩效审计工作中不容易引起双方的误解。当然，由于我国社会公共产品的管理水平还相当落后，甚至一些规范化的绩效审计标准也不能得到被审计对象的认同。解决这个问题，应该是提高管理水平。
　　非规范化的绩效审计标准，常常是审计双方争论的焦点。非规范化的绩效审计标准涉及的是被审计对象绩效的计量标准、良好活动的运行模式、活动外部环境的变化等。这些标准具有动态和个性化的特点。标准本身不统一，有些标准只有被审计对象自己才能制定，没有任何其他活动的标准作参考。
　　因此，它们对被审计对象的约束力就比较小。绩效审计报告如果以此提出问题，其说服力显然就很小。
　　4、绩效审计在成果落实上的难点
　　绩效审计的成果表现在绩效审计报告中。可是从我国绩效审计的实践来看，最终的建议往往涉及到社会、国家、政府的制度安排或者体制、机制方面的问题。这些都不是单个的企业或组织能够解决的问题。然而，在绩效审计成果中，如果对如此重大的问题不报告，企业或组织的绩效又怎么能够提高呢？
　　二、开展绩效审计存在的问题
　　1、绩效审计与财政或财务审计的业务衔接
　　绩效审计的基础是财务或财政审计。因此，绩效审计绝对离不开财务或财政审计。
　　现在的问题是：已经进行过财务或财政审计的企业或组织，进行绩效审计时，是否还要再进行一次财务或财政审计？如果需要，那么是否意味着本来就已经非常紧张的社会审计资源的浪费？如果不需要，那么绩效审计工作依据过去的财务或财政审计数据，是否具有可靠性、时效性？
　　解决这一问题的关键应该是审计业务的有效衔接。需要审计机构合理地安排财务审计与绩效审计的工作量，注意在项目审计的过程中，对这两类审计工作进行协调。这里涉及的，不但有不同审计机构的审计衔接问题，也有同一审计机构不同审计人员的衔接问题，还有审计资料时间上的衔接问题。
　 在我国目前审计资源非常匮乏的情况下，对于项目的真实性、合理性和合法性风险都比较高的企业或组织，应该主要安排财务或财政审计；对于那些影响比较大、管理风险高的企业或组织，应该积极安排绩效审计。只有对那些特别重要、投资特别巨大的项目，才同时安排这两种不同类型的审计。
　2、绩效审计的人员素质如何提高
　　绩效审计对广大审计人员来说，是一项全新的工作。不但对审计人员的素质提出了很高的要求，而且对审计人员的知识更新提出了新的要求。因此，提高审计人员素质是影响到绩效审计成败的关键。
　　实际上，由于我国的法律环境并不十分理想，腐败问题还是普遍的社会问题，因此，财务审计的工作量就已经非常大了。现在又要提倡绩效审计工作，这就使我国本来非常匮乏的审计资源更显得捉襟见肘了。为此，国家审计署应该加强绩效审计队伍的建设。各级审计机构也应该未雨绸缪，从现在起就应该安排人员进行这方面的知识储备和必要的学习进修。审计学院和相关院校的审计专业，也应该积极筹备开设绩效审计的课程和专业。
　　3、绩效审计的制度建设
　　政府部门是绩效审计最重要的对象。可是由于众所周知的原因，审计机构要想对政府部门进行绩效审计是非常困难的。相对来说，我国政府的职责并不非常明确。我国政府，特别是各级地方政府，相当一部分力量用于组织地方的经济建设，而不是行政管理工作和经济工作的宏观调节。
　　我国许多政府的负责人尚不能摆正自己与审计机构之间的关系。错误地认为审计机构是在本级政府的领导下开展审计工作的，因此，审计工作的目标与重点，应该符合政府工作的总体目标，而不是给政府“找茬子”。
　　我国政府的预算管理制度至今仍很不健全，很不完善，基本上没有资金运用的绩效概念。当前我国正在积极探索建立政府绩效预算管理制度的问题，对政府的预算支出提出相对明确的绩效要求和考核标准。这就可以为审计机构开展绩效审计创造良好的条件。反之，绩效审计的有效开展，既可以为政府绩效预算管理制度的进一步完善，提供审计方面的保证，又可以为政府再次组织同类型的活动，积累绩效预算和管理方面的经验，为政府的下期活动提供决策服务。