一、会计处理
　　非同一控制下的控股合并中，购买方应当按照确定的企业合并成本作为长期股权投资的初始投资成本。企业合并成本包括购买方付出的资产、发生或承担的负债、发行的权益性证券的公允价值，以及为进行企业合并发生的各项直接相关费用之和。其中，支付非货币性资产为对价的，所支付的非货币性资产在购买日的公允价值与其账面价值的差额应作为资产处置损益，计入企业合并当期的利润表。具体而言：
　　1.通过一次交换交易实现的企业合并，合并成本为购买方在购买日为取得对被购买方的控制权而付出的资产、发生或承担的负债以及发行的权益性证券的公允价值。
　　2.通过多次交换交易分步实现的企业合并，合并成本为每一单项交易成本之和。形成企业合并前持有的对被购买方长期股权投资采用成本法核算的，其长期股权投资在购买日的账面价值应为原账面价值加上购买日为取得进一步股份支付的对价公允价值之和；形成企业合并前持有的对被购买方长期股权投资采用权益法核算的，在购买日应对权益法下长期股权投资的账面价值进行追溯调整，将有关长期股权投资的账面价值调整至其最初取得成本，在此基础上加上购买日新支付对价的公允价值作为购买日长期股权投资的账面价值。
　　3.购买方为进行企业合并所发生的各项直接相关费用也应当计入企业合并成本。该直接相关费用不包括为企业合并发行的债券或承担其他债务支付的手续费、佣金等，也不包括企业合并中发行权益性证券发生的手续费、佣金等费用。
　　4.在合并合同或协议中对可能影响企业合并成本的未来事项作出约定的，购买日如果估计未来事项很可能发生并且对合并成本的影响金额能够可靠计量的，购买方应当将其计入合并成本。
　　5.无论是同一控制下的企业合并还是非同一控制下的企业合并，形成的长期股权投资，其实际支付的价款或对价中包含的已宣告但尚未发放的现金股利或利润，应作为应收项目处理。
　　二、差异分析企业长期股权投资的计税成本应当以为取得该项投资所付出的全部代价确定。全部代价包括现金、非现金资产公允价、所承担债务的公允价、所发行权益性证券的公允价，以及支付的相关税费（不含企业所得税），但不包括应自被投资单位收取的已宣告但尚未发放的现金股利或利润。由此可见，非同一控制下控股合并取得的长期股权投资的计税成本与会计成本基本相同。主要差异有：
　　1.非同一控制下企业合并发生的各项直接相关费用（资产评估费等）计入投资成本，税法规定，企业实际发生的咨询费、评估费等在发生的当期据实申报扣除。
　　2.通过多次交易分步实现的控股合并，长期股权投资的会计成本按上述规定处理，其计税成本为各次计税成本之和。被投资方用留存收益转增资本，视同投资方追加投资，也应计入计税成本处理。
　　3.财税〔1994〕83号规定，由于外商投资企业从其境内投资的企业取得的利润（股息），不计入本企业应纳税所得额，因此与该投资有关的可行性研究费用、投资贷款利息支出、投资管理费用等投资决策实施中的各项费用，不得冲减本企业应纳税所得额。根据该项规定，计入当期损益的投资费用，不得在税前扣除，应作纳税调增处理。这部分投资费用应当计入长期股权投资的计税成本，在处置该项股权时，一并扣除。
　　4.作为对价的存货已计提减值准备的，本期结转的存货跌价准备应当调减所得。
　　5.作为对价的固定资产、无形资产已计提减值准备的，在视同销售计算资产转让所得时，允许扣除的成本为剩余计税成本。剩余计税成本=固定资产、无形资产初始计税成本-已扣除的折旧额、摊销额。
　　例：A公司于20×5年3月以4000万元取得B公司30%的股权，因能够派人参与B公司的生产经营决策，对所取得的长期股权投资按照权益法核算并于20×5年确认对B公司的投资收益150万元(该项投资的初始投资成本与投资时应享有被投资单位可辨认净资产公允价值的份额相等)。20×6年4月，A公司又出资5000万元取得B公司另外30%的股权。假定A公司在取得对B公司的长期股权投资以后，B公司并未宣告发放现金股利或利润；A公司按净利润的10%计提盈余公积。
　　本例中A公司是通过分步购买最终取得对B公司的控制权，形成企业合并。在购买日，A公司应进行以下账务处理：
　　借：盈余公积150000
　　　　利润分配——未分配利润1350000
　　　贷：长期股权投资l500000
　　借：长期股权投资50000000
　　　贷：银行存款50000000。
　　税务处理：A公司取得该项投资的计税成本为首次出资计税成本与追加投资计税成本之和9000万元。本例会计成本与计税成本相同。
　　需要注意的是，如果首次投资是以成本法核算（对被投资单位不具有控制、共同控制或重大影响，并且在活跃市场中没有报价、公允价值不能可靠计量的权益性投资），并且是非现金资产交换方式取得，而且按成本模式计量，那么，其首次投资的会计成本与计税成本会存在差异，从而导致累计计税成本与会计成本之间存在差异。