当股东以商誉作为出资标的时，商誉的计量表现为“企业整体价值与单项有形资产及可辨认无形资产价值之间的差额”。对于投资者来说，这里的企业整体价值表现为一种可转让价值，它不以企业现有的可辨认资产为限，而是取决于企业在未来持续经营中的获利能力。由于商誉具有依附性、整体性、价值波动性，以及商誉价值与其形成成本的弱相关性等特点，企业在商誉出资过程中不可避免地会遇到一些问题。

一、商誉的评估作价问题

笔者认为，对商誉出资的评估作价应有如下措施：

第一，对于商誉的作价金额，必须经过股东会通过并确认，并且在公司章程中明确记录。章程具有很强的公示性，通过章程的记录，增强出资的透明度，使所有相关者对商誉出资价值进行监督成为可能，有效防止高估或低估。

第二，如果商誉的出资者在商誉评估时过分高估了商誉的价值，导致章程所记载的商誉价值与实际价值存在较大差额时，可以要求出资者承担“出资填补责任”，即由交付该出资的股东补交其差额，公司设立时的其他股东对其承担连带责任，这样能有效避免商誉资本被恶意利用从而让商誉股东不正当地占有公司的物质财富。

第三，强化资产评估机构的民事赔偿责任。

二、商誉出资的交付问题

由于商誉是一种不可辨认的综合性的企业资产，它不能单独转让，只能随营业一起转让，而营业的部分或全部转让可看作是公司的部分或全部合并。按照我国《公司法》第188条规定：公司合并或分立，登记事项发生变更的，应当依法向公司登记机关办理变更登记。第184条规定：公司合并30天内在报纸上至少公告3次。但是，公司合并的登记和公告并不意味着商誉的交付，只有当商誉所附着的各种载体通过营业的部分或全部转让作为出资转移给受让公司换取股份时，而且换取的股份价值大于营业中各个单项资产的价值之和，即股份的计价中含有商誉，才意味着商誉已经通过其载体转移给了公司。

三、商誉出资的风险分担问题

笔者认为，可以把商誉出资视为动态的过程，而不应像物质资本那样一次性静态进入和确认。为此，首先应将公司资本总额按不同性质进行明确的划分并予以公示，以便让外界充分知晓公司资本的真实信息；其次应建立资本出资的年度重新评估制度，以相应调整商誉资本的份额，在遇到商誉价值重大变动的特定情形下应有重大事项评估制度，在此基础上赋予其他股东重新评估和调整股权结构的请求权。这样，既能保护公司债权人的利益，又能避免对公司其他股东利益造成侵害。