一、部门预算存在隐形赤字的原因
　　1.高校对部门预算编制的重要性认识不足、重视不够，缺乏科学性
　　高校的部门预算编制要应与部门的预算执行情况紧密衔接，高校的部门预算编制要有利于部门预算执行的可操作性和规范化。要想编准编好本部门预算，应该要有根有据，高校内部要高度重视，层层把关和落实，而且还需要校内相关的部门配合和支持。 高校部门预算的编制时间短，缺乏系统性和预算编制的严肃性
　　部门预算的编制不管是发达国家还是发展中国家，编制时间都要长达一年以上。充足的编制时间是保证预算编制质量的重要保证。然而，现在各高校编制部门预算的时间大约为6个月左右。高校部门预算的编制是一个系统工程，由于部门预算编制时间短，存在一些预算项目和指标论证不充分，缺乏民主程序和科学性，造成预算安排的先天不足，致使预算在执行中不断出现问题，追加经费的事情时有发生，冲击了预算的正常执行，严重影响了预算的严肃性。 高校部门预算编制存在潜在的隐形赤字
　　高校当年预算执行结果常常出现这样的情况:一是预算结余，即预算支出小于预算收入；二是预算赤字，即预算支出大于预算收入；三是预算平衡。但在部门预算的实际执行过程中，往往是存在将结余年份的资金抵补预算赤字年份的资金，虽然在资金运作上是处于一种收支平衡状态，但实际上这是一种潜在预算赤字。 高校的部门预算编制缺乏科学性和谨慎性
　　高校的部门预算编制包括收入预算的编制和支出预算的编制，收入预算主要包括国家财政拨款、事业收入、产业和附属单位缴款、其他收入等，由于有些收入的不可确定性，不应盲目的变大收入预算，缺乏科学性，造成收入预算在实际执行过程中收入不到位，完不成收入预算，造成预算赤字，高校在编制收入预算时应坚持实际情况与谨慎性原则相结合，应本着实事求是，科学准确完整的编制收入预算，如果收入预算实际执行过程中有新增收入，应根据高校的实际情况，根据轻重缓急的原则，再安排支出。 高校的部门预算执行不到位，缺乏管理、监督和约束
　　长期以来高校的部门预算在实际执行过程中，存在着高校的管理部门只重视支出预算而忽略了收入预算，年初高校编制的部门预算是一种在静态、理想状态下编制的收支平衡预算，但是部门预算在实际执行过程中，往往存在收入预算没有全部实现，支出预算却全部安排的情况，其结果往往导致预算赤字。