2011年1月18日，财政部会同卫生部等有关部门同步推出了医疗机构财务、会计、注册会计师审计等五项新制度。其中，新医院财务、会计制度将于2011年7月1日起在公立医院改革国家联系试点城市执行，2012年1月1日起在全国执行。

新出台的《医院会计制度》（以下简称新制度）主要规范各级各类独立核算的公立医院的会计核算，包括综合医院、中医院、专科医院、门诊部（所）、疗养院等。与1998年的医院会计制度（以下简称原制度）相比，新制度有以下十大主要变化。

原制度的适用范围为公立医疗机构，包括卫生院等基层医疗卫生机构。

新制度的适用范围为公立医疗医院，不包括卫生院等基层医疗卫生机构。

在制定新制度时，考虑到基层医疗卫生机构在业务活动、资金管理方式等方面与一般医院的显著不同，将基层医疗卫生机构排除在《医院会计制度》适用范围之外，对基层医疗卫生机构单独制定《基层医疗卫生机构会计制度》予以规范。

考虑到随着新医改方案有关“鼓励社会资本依法兴办非营利性医疗机构”等政策的贯彻落实，非公立医院将会有较快发展，并且公立医院和其他非营利性医院在运营目标、运营方式、监管要求等方面具有相似性，为便于实施统一评价和监管，新制度在维持“公立医院”这一主要适用主体基础上，规定“社会资本举办的非营利性医疗机构可参照本制度执行”。
新制度增设了“零余额账户用款额度”和“财政应返还额度”两个会计科目，用以规范国家投资医院与国库集中支付相关的会计核算。在医院会计实务中，部分医院已于2001年依据财政部颁发的《财政国库管理制度改革试点会计核算暂行办法》规定启用了“零余额账户用款额度”科目，但核算过程不规范，年度终了额度注销时，往往是直接做冲销凭证，而没有转入“财政应返还额度”科目，医院年终应收财政下年度返还的资金额度不能准确反映。新制度不仅规范了医院与国库集中支付相关的会计核算，而且弥补了行政事业单位会计制度在国库集中支付会计核算方面的不足。

公益性是公立医院的一个基本特点。国家将通过财政补助的形式提高公立医院的公益性，这就涉及财政预算管理的问题。

新制度正式发布前的《医院会计制度（征求意见）》稿曾经把会计制度分成两个系统，以分别反映预算信息和财务信息，但考虑到医院财务人员工作量问题，新制度最终将两种信息在一个会计系统中同时进行反映，其基本思路是：

第一，按照部门预算管理要求，增设“财政补助收入”、“财政项目补助支出”、“财政补助结转（余）”科目，用于编制“财政补助收支情况表”。

第二，对于财政基本补助支出，主要用于 “医疗业务成本”、“管理费用”的，要求在 “医疗业务成本”、“管理费用”等科目中按照或参照政府收支分类科目设置明细科目，并要求在“医疗业务成本”、“管理费用”科目下专设的“财政基本补助支出”备查簿中进行登记。

第三，对于财政补助资金形成的财产物资的摊销（权责发生制）与财政预算资金支出（收付实现制）的兼容性问题， 通过创造性地设置“待冲基金”科目解决，兼顾满足预算管理需要。

比如，用财政性资金购买固定资产，在收付实现制下，形成了当期财政预算支出，通过借记“财政项目补助支出”科目反映（贷记“零余额账户用款额度”等科目），同时，由于固定资产并没有一次性消耗，在权责发生制下，需要通过计提折旧，表示其还将继续使用。怎么办？通过设置“待冲基金”科目解决。新增固定资产时，借记“固定资产”科目，贷记“待冲基金”科目。等到资产要被摊销或者存货被领用的时候，不再反映为成本费用，而是冲销“待冲基金”，借记“待冲基金”科目，贷记“累计折旧”科目。这样，医院就可以把财政资金和非财政资金形成的资产区分开来，从而在一个会计体系中，同时体现了预算信息和财务信息。

在原制度中，科教资金不纳入医院的收支管理，而是作为专用基金管理，或挂在往来款项中核算，这就导致医院整体收入数据不全，也就无法真实反映医院的收支情况。

新制度将科教资金纳入收支管理，体现医、教、研三位一体的医院整体。新制度明确了科教收支的如下会计处理：

医院取得的科研、教学项目资金通过“财政补助收入”、“科教项目收入”科目核算，医院使用科研、教学项目资金所发生的支出通过“财政项目补助支出”、“科教项目支出”科目核算，医院留待下期继续使用的科研、教学结转资金通过“财政补助结转（余）”、“科教项目结转（余）”科目核算。

医院取得的与教学相关的培训收入等通过“其他收入”科目中核算。

医院开展科研、教学项目使用自筹配套资金发生的支出，以及医院开展的不与特定项目相关的医疗辅助科研、教学活动发生的支出，在“医疗业务成本”科目中核算。

原制度下的医疗成本核算体系不健全，缺乏对医院医疗成本核算对象、核算范围和口径、核算方法等的合理、统一规定，加之将医疗成本机械割裂为医疗支出和药品支出，造成实践中各医院成本核算口径不一、成本信息缺乏可比性和科学性，难以为政府部门制定医疗改革政策、医疗收费价格以及实施医院绩效评价等提供可靠依据。

新制度一方面通过“在加工物资”科目，对医院自制物资的成本项目、成本归集和核算方法做了详细要求；另一方面要求医院将其业务活动中所发生的各种耗费按照成本核算对象（如科室成本、医疗服务项目成本、病种成本等）进行归集和分配，计算出总成本和单位成本。最后要求在财务情况说明书中呈报一系列的成本报表，把医院各种各样不同层面、不同角度的成本通过这一系列的成本报表展示出来。同时，公众可以通过医院披露的成本报表知道医疗收费是否合理的问题。

原制度的一个突出问题就是医院的基本建设项目在办理竣工决算前不在医院会计“大账”中核算，与之相关的资产负债未在医院的资产负债表中反映，使得医院基建会计核算与医院总账会计核算脱节，造成医院会计信息很不完整，不利于加强医院的资产负债管理，不利于防范和降低财务风险。

近两年来，中央预算单位的基建拨款和支出已纳入部门预决算统一编列，会计上实现基建会计与单位会计并轨的要求十分迫切。新制度通过增设“在建工程——基建工程”明细科目、在“财政补助收入”科目下增设“项目支出”明细科目等，将基建会计与医院会计并轨整合，这将进一步增强医院资产负债及其他会计信息的完整性。

一直以来，由于财政补助不足，药品加成是国家给予医疗机构的一项补偿政策，“以药补医”、“以药养医”可以说是国家财政资金不足情况下的一种无奈选择。在这一政策下，由于药品收入占医院总收入的比例非常高，是医院的主要收入来源，因此，在原会计制度中对“药品收入”及与之相关的“药品支出”单设科目，单独核算。

近年来，随着中国经济的发展、国家财政收入的提高，人们对“以药养医”的怨气越来越大，国家也在加速推进医、药分开改革。新制度将原制度下的“医疗收入”与“药品收入”两个科目合并为“医疗收入”一个科目，将“医疗支出”与“药品支出”两个科目合并为“医疗业务成本”一个科目，配合弱化药品加成对医院的补偿作用。新制度的这一规定与新医改方案中逐步取消药品加成、避免‘以药养医’的理念相一致。

其实，从药品收支的性质来看，药品收入与治疗收入、化验收入等一样，都是医院提供医疗服务所取得的收入；医院耗用的药品与医院耗用的卫生材料、发生的医务人员工资一样，都构成医院提供医疗服务所发生的成本。从国际惯例以及我国医院性质和现状考虑，药品收支都应构成医疗收支的组成部分，在医疗收支下单列，而没有必要将其并列于医疗收支。

同时，这样处理也避免了管理费用在医疗支出和药品支出之间的分摊，解决了药品医疗收支不配比问题。

原制度规定：“医院的净资产是指医院资产减去负债后的余额”，包括事业基金、固定基金和专用基金。

由于原制度使用了固定资产等于固定基金的恒等式，而固定资产在使用过程中又不计提折旧，因此，将固定资产中的水分实实在在地反映在属于净资产的固定基金中。

同时，原制度将应列入负债的部分专用基金（如住房基金、从成本中提取的职工福利费等）亦列入了净资产中，造成了净资产的严重不实。

新制度对这类问题均进行相关处理，如要求对固定资产全面计提折旧，增设“应付福利费”科目反映医院从成本中提取用于职工个人的职工福利费。

与原制度相比，新制度增加了现金流量表和财政补助收支情况表以及一系列的成本报表。报表体系比较完整，而且与企业的会计报表已经非常相似。

特别是现金流量表对医院自身管理有着重要的现实意义。随着医保的推进，医保后付制的范围和幅度越来越大，使得医院对现金流的关注度更加提高。因为有了医保之后，病人看病只交自付部分的钱款，剩余部分需要医保中心支付，而医院相关的成本和费用都发生了，这就产生了时间差。有了现金流量表就可以加强医院对现金的规划和管理，从而提高医院整体的资金使用效率。

另外，新制度增加了财务状况说明书，以达到对财务管理包括预算管理、成本管理方面信息的要求，这是比《企业会计制度》规定更加完善的方面，同时也有利于国家加强对医院管理方面的信息了解。