《指导意见》高度重视推进公司制股份制改革，明确要“加大集团层面公司制改革力度”。未来，新一轮国有企业改革将过去主要在集团二级、三级公司层面推动的股权改革，上升到集团母公司层面。也就是国有独资的集团母公司也要股权多元化，合适的可以结合混合所有制改革发展成为混合所有制企业。这有利于按现代企业制度要求和市场化方向，解决长期困扰国有企业集团“老体制管新体制”的问题。更重要的是，可以通过股权多元化或结合混合所有制改革，来优化国有企业的股权结构，进而完善公司法人治理结构，发挥董事会作为决策机构在公司治理中的核心作用。此外，产权层面的改革对于推行职业经理人制度，以市场化为导向、完善落实“三项制度”，消除国有企业内部行政化的思想意识和运行机制，加强激励约束机制建设等，都具有基础性的促进作用。实际上，国有企业完善现代企业制度、激发活力和提升效率的关键都在于推进产权层面的改革。
《指导意见》还提出“允许将部分国有资本转化为优先股，在少数特定领域探索建立国家特殊管理股制度”，这为进一步优化国有企业股权结构、特别是改变国有股“一股独大”格局，提供了条件。“优先股”使得国有资本保值增值更有保障，并赋予了国有资本更大的灵活性和更强的流动性；“国家特殊管理股制度”保证了政府在特定领域即使只有少数股权，仍具有否决权，不至于失控。
有研究者还提出“跨越国企股权结构拐点”的问题。一些研究显示，当非国有股权比例达到33.4%以上时，公司治理和公司业绩都会发生实质性、跳跃性的变化。其道理在于，中国公司法明确规定，股东大会做出修改公司章程、增加或者减少注册资本决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。如果非国有股东拥有33.4%的股比，就会对很多事项构成实质性的制约权。因此，从非国有股权是否跨越了这一拐点，可以判断该混合所有制公司究竟是实质性的混合所有制，还是只是形式上的混合所有制。
针对企业员工持股这一议题，《指导意见》对于以前一些难以明确的部分问题给出了答案。一方面，明确了优先支持转制科研院所、高新技术企业、科技服务型企业开展员工持股试点。另一方面，明确了支持科研人员、经营管理人员和业务骨干持股，员工持股主要采取增资扩股、出资新设等方式。对员工持股中的“员工”范围界定和持股方式这两个重要问题，给出了标准或指引，有助于实践者能参照执行，从而规范有序地推进改革。如此，既能在把握得住的领域稳妥推动国有企业发展混合所有制经济，又能“强化监督防止国有资产流失”，更好地防范潜在风险和避免可能的负面效果。