一、企业层面：自身矛盾不断累积，生存面临巨大困境
具体来看，这些厂办集体企业生存发展与转制面临诸多难题：
1.产权难以界定、负债责任主体不清，导致部分地区改革进展缓慢。厂办集体企业一般资产形成情况复杂，由于集体企业与主办国有企业之间的资产互相占用，债务互相担保，企业土地、房产、设备等资产产权不清同时早期会计核算不完善、长期经营严重不景气、人员变动频繁等种种因素作用下，导致相应的权责主体不易厘定，主办企业不愿碰这些麻烦问题，属地政府也缺乏协调解决的激励机制。
2.高负债、资产质量低下。厂办大集体90%以上是长期停产企业甚至是空壳企业，但背负市场债务、银行债务、拖欠税款、滞纳金，以及正常经营时期具有劳动关系的职工的负债（解除劳动合同关系经济补偿金、拖欠职工工资、集资款、医疗费等债务和欠缴的各项社会保险费用）。虽然大多资不抵债，但如果要按照目前的《破产法》走司法破产，各方债务安排及核销将是繁琐冗长的过程，而且按照法律规定的偿债优先顺序，职工负债未必能确保清偿。
3.市场竞争力普遍严重丧失。厂办集体企业长期依赖于主体，为主体服务，没有正常市场竞争的历练，绝大多数存在技术落后、技术力量不足、产品开发动力不强，与行业内其他企业相比严重缺乏核心技术，这是企业发展中最致命的薄弱环节。所以，一些业务严重依赖于主办厂而经营业绩尚可的厂办大集体，希望主办厂的扶持继续维持下去，害怕独立面对激烈的市场竞争，这也增加了改革实施的难度。
二、职工层面：生活极度困难，对社会稳定构成严峻挑战
厂办大集体企业多数停产关闭，企业职工离岗失业，在技能单一、年龄偏大、再就业困难的情况下，这些职工的日常生活已陷入难以维持的境地。最直观的体现，就是职工“断保”现象十分严重。从2011年相关部门统计数据看，地方厂办大集体参加养老保险的职工断保率达到75%，参加医疗保险职工断保率达到56%。生活的极度困难，必然对社会稳定构成挑战，特别是在国家出台文件明确要求自2011年开始用3-5年时间完成厂办大集体改革任务的情况下，如果不能妥善对这部分职工加以安置解决，必然会出现由希望到失望的强烈情绪，群体性上访事件将难以避免。
三、政府层面：改革成本数额巨大，地方财政难以负担
虽然中央财政和省级财政可以承担大集体职工解除劳动关系经济补偿金的绝大部分，但职工解除劳动关系的经济补偿金仅占全部改革成本的小部分(大约24%)，大部分改革成本需要地方财政和主办国有企业承担。如辽宁预估仅拖欠职工债务135.1亿元、拖欠社会保险总额160.7亿元，两项合计就高达341.8亿元。由于改革成本缺口大，而经济下行形势下，辽宁省本级财政资金筹措困难，主办企业经营困难，职工就业形势严峻，在一定程度上影响了地方政府、主办国有企业推进改革的进度。