如何发挥市场机制在农业资源配置中的决定性作用，提高农业质量、效率和竞争力，是农业供给侧结构性改革的重要内容。应在深入总结近两年相关改革实践和充分借鉴发达国家经验的基础上，尽快建立起以非价格支持为主导的新型农业支持政策体系。
（一）对现有价格支持政策改革模式进行调整完善
不同的改革模式具有不同的政策目标和政策属性。应根据不同产品对保收入、保产量、调结构等目标的具体要求以及WTO规则的约束，调整完善各自的改革模式。一是强化玉米生产者补贴的收入保障功能，缓解政策调整带来的冲击。鉴于当前玉米去库存压力大，现阶段应以2014年的种植面积为基期进行补贴，补贴应设定在一定期限内（比如2-3年），这既可强化其促进种植结构调整的功能，又实现了与当期生产脱钩。今后需要保产量时，可在特定产品“黄箱”补贴不超标前提下采取与当期生产挂钩的办法，恢复种植面积。二是还原大豆和棉花目标价格补贴的市场风险缓冲功能，避免对市场信号造成干扰。推进目标价格由成本加基本收益向市场趋势判断定价法转变，将补贴限定在由市场波动造成的损失上；在三年试点到期后，可与这三年的年均交售量（棉花）或面积（大豆）挂钩，实现与当期生产脱钩，从而实现政策属性由“黄箱”转型为“蓝箱”。三是稻谷和小麦最低收购价回归底线保护功能，保障国家粮食安全和市场稳定。调整定价原则，增强政策弹性，改变只涨不降的刚性预期，避免造成新的过剩。以科学的需求预测和市场供求形势判断为基础，确立合理的战略储备和市场调节储备规模，以此为标准逐步收缩政策性粮食收储规模。四是积极扩大目标价格和收益保险范围。完善期货、巨灾、再保险等风险分散机制。 也可考虑待市场发展成熟后，将目标价格补贴转变为政策性的目标收益保险，强化对生产者的价格、灾害等综合风险的保障作用。
（二）以农业支付政策转型引领农业发展方式转型
目前采取的将种粮农民直接补贴、良种补贴、农资综合补贴合并为“农业支持保护补贴”的做法，不仅名称看起来像“黄箱”政策、容易授人以柄，而且按目前绝大多数地方的实际做法，仍是对承包户的一种收入补贴，无法达到“提高耕地地力和扶持粮食适度规模经营”的预定目标。可将其转型为“农业绿色发展支付”，与农业生产者减肥、减药、节水等绿色发展措施挂钩。去掉“支持保护”和“补贴”，冠之以“绿色”和“支付”，有利于与国际接轨。
（三）以产业链的价值提升保障农民收入和农业产能
加大对下游加工和服务企业的支持，以产业链价值提升带动农业产能增长和农民收入增加。在流通环节，全面推广农产品质押贷款业务，对签订订单且收购价格在以市场趋势价确定的目标价格之上的企业发放政策性贷款；加强烘干、运输、仓储、质量检测检疫等基础设施和服务能力建设，采取保本微利运营方式向企业提供服务。在生产环节，鼓励在粮食主产区建设加工基地，通过电商、超市直供、集团直购等方式实现产地直采直销；加大对企业和合作社技术升级、研发创新、新产品开发、品牌建设等方面的支持；充分利用国民饮食偏好，以市场差异化战略强化我国特色化、品牌化以及专用品种的竞争优势；以产业链带动，引导农户根据加工企业需求种植特色、专用加工品种以及高品质品种，以优质优价的市场机制倒逼农户生产转型。
（四）以“提能力、降成本”接续价格支持政策承载的保收入功能
价格支持政策承载的保收入功能淡出后，需要有接续力量。我国大宗农产品生产成本不断上涨，国内成本价格倒挂、国内外价格倒挂，重要原因在于投入要素价格上涨过快、依靠过量使用化肥农药的生产方式没有转变以及生产的规模不经济。与欧盟、澳大利亚等国相比，我国农业支持结构中投入和服务占比明显偏低。应加大对土地集中连片整理、 农田基础设施、机耕道等建设扶持力度，创造规模经营和机械化作业条件；创新农业社会化服务机制，以政府购买服务、服务补贴以及项目资助等多种形式促进社会化服务组织的可持续发展，通过统一的机械化作业、水肥管理、植保等服务，实现农业提质、节本和增效。
（五）充分利用市场化机构，降低政策执行成本
目前这种主要靠行政机关层层落实农业支持政策的做法，不仅效率低，而且行政成本高。应借助市场力量，提升政策支持效力和效率。为农户提供替代直接补贴的信贷和保险支持可选方案，逐步将与生产挂钩的补贴转换为政策性的信贷和保险支持，使生产者从被动等待发放补贴向主动申请转变，利用市场化机构的业务网络和甄别机制降低政策执行成本、提高支持的精准度。
（六）加强基础数据建设整合
整合农业、遥感、气象、水利、统计、物价等相关部门数据，加强对农户基本经营、主要农产品市场价格、灾害等基础数据的积累，增强对市场形势预判能力。建立覆盖农户和村组的农业补贴数据平台，支持农户和村组自主申报，农业、遥感、统计、信贷和保险等相关部门应进行监督核实，对申报数据不实者应取消其获得政策支持资格并降低其信用评级。