内控制度是信用社为保证其资产的完整性、完成既定的工作目标和防范各类风险、对内部各职能部门及其工作人员从事的业务经营活动进行风险控制、制度管理和相互制约的方法措施和程序的总称。欲使农信社不断发展壮大，须在大力拓展各项业务的同时，更有效地加强内控制度建设，以保证农信社稳健发展。
　　信用社内控制度现状
近两年，省一级农村信用联社相继成立。随着改革试点全面推开，新的管理体制框架基本确定，监督管理责任初步落实，法人治理机构逐步完善，“自主经营、自我发展、自我约束、自担风险”的体制正在形成，产权制度的改革，经营机制的转换等各方面都取得了实质性进展。
　　不过，在农信社服务“三农”力度进一步增强，盈利能力逐步提高的同时，内控管理存在的风险隐患和缺陷亦时有暴露。
　　现行内控规章制度不健全表现在规章制度缺乏全面性、系统性和科学性，一些业务经营存在监控盲区，内控制度与业务发展不同步。在新业务开发推广或新的管理模式推行时，仍延用传统计划经济条件下的经营管理方式，未及时制订相应配套的规章制度。相对滞后的规章制度难于形成约束力，缺乏监督保障措施和配套的具体实施细则致使制度流于形式。
　　对内控理解的偏差大有些信用社把内控理解成各种规章制度的制定、装订、汇总，认为做了整章建制方面的工作就等于建立内控制度。由于现阶段正处农信社改革关键期，少数干部职工对金融规范、内控制度认识不足，很难正确处理发展与管理的辩证关系，使内控制度长期处于虚设状态，造成违规违章现象时有发生。
　　信用社内控体系薄弱时下，信用社内部控制体系表现为：其一，信用社制定的制约监督规定对象多为操作人员，而对高级管理人员缺乏有效监督，特别是各县级金融机构都实行法人负责制，而个别理事长只行使权利，不负责，导致权责脱节。其二，内控牵制乏力。一些现行的部门与部门间不够衔接，缺乏相互协调合作精神。其三，缺乏奖惩制度。部分信用社对违纪人员没有明晰的处罚条款，更无相应执行主体。同样，有章不循、违章操作，制度不落实，及稽核体制不顺，稽核队伍良莠不齐，也是内控制度中的隐患。
　　多举措提高“免疫力”
有效的内控制度是信用社提高管理水平和效率的重要手段。而信用社内控制度的核心就是提高经营管理水平，防范和化解各种风险。
　　建立合理的组织结构和规章制度要对现有规章制度、操作规程、内控机制进行查遗补缺、充实完善。制定明确的农信社政策目标；建立合理的组织架构，并建立公正、公开的奖罚制度；维护规章制度的严肃性。明确每个部门的业务范围、部门之间的关系，并结合信用社实际，明确各岗位员工在业务中的责权划分及应承担的责任；建立畅通的报告渠道；制定各项业务标准化的操作规程；建立会议记录、重要文件、凭证、报告的保存制度；制定各重要决策事项标准的操作程序。
　　加强会计管理和审慎财务制度各基层信用社应严格按照《会计法》要求，规范会计行为，严格落实会计工作责任机制，切实做好内部审核和事后监督的会计工作。建立统一周密的会计监控体系、指标体系和标准，完善现有会计工作岗位责任制、会计工作业务操作规程和奖惩办法，使会计控制系统规范化原则和授权分责原则得以落实执行，加强会计监督制约能力。
　　强化制度建设，增强法制观念应充分认识建立健全制约机构的必要性和制订确实可行管理办法的迫切性，使基层社做到有章可循，有制可依。按照人行公布的《加强金融机构内部控制的指导原则》要求和有关加强金融监管及信用社须实行规范化管理等文件精神，结合当地信用社实际，制定相关管理规定，使改革期间的信用社形成一套责权分明、平稳制约、规章健全、运行有序、科学有效的内部控制机制，使各类决策权力、各项操作环节和职工经营行为处于慎密的内控制约和监控之下，从而减少违规违章现象。
　　建立新的稽核体制要建立严格的管理、考核、奖惩稽核制度，规范稽核行为，制定稽核人员岗位责任制，并把内审成本和质量与绩效挂钩。强化内部审计首先应从改革内审机制入手，体制上建立以省级联社或市办垂直领导的内审机制，实行人员、费用、单独核算，以提高内审的独立性和权威性；其次从内部管理入手，加快电子建设步伐，畅通信息渠道，提高监控能力，加强学习培训，提高业务技能；第三，着眼于提高稽核队伍整体素质，建立一支复合型内审队伍，以适应农信社的加速发展，提高农信社内控监控能力。
　　实行问责制对安全管理的目标和责任进行科学分解并落实到位，提高处罚力度和加强连带责任的追究制和问责制。加强责任追究力度，提高内控制度执行到位率（严惩内控制度形同虚设的现象）；要落实内部监督检查中发现问题的责任（划清责任，严肃处理责任人）；要加强对监督人员的责任追究力度（从严处理监督人员的渎职行为），使内部监督和控制的权威性和严肃性进一步加强，确保内控制度有效执行。