财务分析是根据会计核算所形成的各种数据资料及其他有关资料，对事业单位一定时期内预算执行情况和财务计划的完成情况进行全面、系统分析比较的一种方法。针对事业单位的财务分析，可以解释各项目变化及其产生的原因，分析、衡量当前的财务状况，预测未来的发展趋势，并将大量的报表数据转换为对管理者决策有用的信息。
　　 在笔者看来，真实、客观的财务分析，不但能够对提高单位资金使用效率、堵塞日常工作漏洞、防止腐败、建立健全内部控制制度起到积极作用，还能改进财务管理，提高经济效益和社会效益，促进事业的发展。而我国事业单位财务分析现存问题的症结在于，缺乏对理论和方法、财务分析指标、财务分析程序、评价标准等方面的研究。
　　 首先，缺乏对财务分析重要性的认识，表现为事业单位财务分析管理制度不健全。例如，事业单位普遍缺乏适合本单位实际情况的财务分析管理制度，往往用季度会计报表或年终决算报表的编报说明来替代财务分析报告。而有些单位季度会计报表的编报说明也只有寥寥几百字，不能客观、深入地反映单位的财务收支状况及存在的问题。
　　 其次，表现为财务分析人员参与管理的意识不强，对本单位业务流程和发展趋势了解不足，财务分析报告的质量不高。这种问题在基层预算单位表现得尤为突出，导致财务人员在进行财务分析时，只能根据已经发生的经济业务，从单纯会计核算的角度 进行分析，不能从单位业务发展全局来看待财务收支的合理性。基于上述原因，相关人员做出的财务分析势必因脱离实际业务情况而具有较大的主观性和片面性，找不准问题的要害，难以为决策者提供有效的财务信息依据。
　　 再次，目前我国事业单位财务分析指标体系还欠完备。按照《事业单位会计通则》的规定，目前事业单位运用的财务分析指标体系包括经费自给率、资产负债率、人员支出与公用支出占事业支出的比率等指标。但是，由于事业单位按照财政拨款占总经费的一定比例又分为全额拨款事业单位、差额拨款事业单位及自收自支事业单位。
　　 虽然同属事业单位，但这些分析指标体系对不同性质的事业单位的作用却是不同的。笔者认为，“经费自给率”、“资产负债率”这两个财务分析指标更适宜于差额拨款事业单位及自收自支事业单位。而对全额拨款事业单位来说，分析的重点应在预算的执行情况、事业支出结构是否合理及支出项目是否正确等方面，现行事业单位财务分析指标体系中对这部分没有予以体现。
　　 最后，对财务分析方法的运用不灵活、财务分析报告形式单一，也是我国事业单位财务分析方面存在的主要问题。不能灵活使用财务分析的各种方法，肯定会影响财务分析报告的质量。同时，事业单位现存的“一篇财务分析报告走天下”的状况（即不管报告的阅读对象是谁，也不了解阅读对象所需要的财务信息，只提供一种模式的财务分析报告），也会使报告阅读者往往得不到他们真正想要了解的财务信息。