良好的政府公共财政管理需要相应的政府财务信息作为支持。它要求政府会计不仅要提供有关财政资金预算执行情况的信息，还应当提供反映政府财务状况及其变动情况、财政资金使用情况以及政府受托责任履行情况等方面的信息，以便为政府高效管理和决策提供有效服务，但多年的实践显示现有的预算会计制度改革并没有达到预期的目标，不能适应不断变化的客观环境的需要，存在着大量的不足与弊端，具体表现在以下几个方面：
一、有关政府会计的法律法规体系建设不完善
一方面虽然我国在1995年正式颁布了《预算法》，但实际执行情况不是很理想，依法理财、依法进行支出预算管理的氛围尚未真正形成。有的地方不按法定程序随意调整预算，支出预算追加频繁；一些部门和单位不按规定执行预算和财政制度，擅自扩大开支范围，提高开支标准，改变支出用途。政府财政预算约束力度比较低，政府部门单位财务权力监督力度小，公共财政支出膨胀程度比较严重。
另一方面在规范具体会计行为的会计准则上，我国目前只有《事业单位会计准则》，还没有一个统一的适用于总预算会计、行政单位会计和事业单位会计三者的会计基本准则。这对我国进一步完善政府会计制度体系带来了不利影响。有关部门在制定种类繁多的政府会计制度时，没有一个统一的框架和基本的指导原则。久而久之，各种政府会计制度的内容总是缺乏前后一贯、首尾统一、浑然一体的体系，使政府会计改革重新走回各自为政的老路。
二、预算会计体系按组织类别划分使得各分支相互割裂缺乏整合
现行预算会计按组织类别划分为总预算会计、行政单位会计和事业单位会计三个分支，三个分支采用不同的会计科目组织会计核算，客观上形成了相互分割、互补衔接的“三张皮”格局。这种预算会计体系一方面导致三个分支记录的会计信息失去了可比性和统一的口径；另一方面导致无法形成政府整体的财政预算信息，以致实施财政监督、管理财政风险、评估财政状况和可持续性这类关键职能几乎完全落空。
三、收付实现制的政府会计基础存在局限性
以收付实现制为基础的局限性主要表现为：
1.收付实现制无法全面准确地记录和反映政府的负债状况。由于收付实现制是以现金的实际收付为确认当期收入和支出的依据，财政支出只包括以现金支付的部分，并不能反映当期已经发生但尚未用现金支付的政府债务，使得这部分债务成为隐性债务，由此带来的后果是政府会计披露的政府债务远远低于实际存在的政府债务规模，不能完整、真实地反映政府的财务收支状况和营运业绩，从而对宏观经济决策、健康运行产生错误导向，不利于防范和化解政府的财政风险。
2.不能全面、客观的反映政府资产状况。政府部门增加的资产不管是流动资产还是固定资产，不管其使用年限都列入当年支出，同时增加固定资产和固定基金。固定资产在使用期内保持不变，不提取折旧，也不能进行成本核算。除非固定资产进行清理，资产价值才能反映在账面上，不利于国有资产的管理。再如，政府用结余资金购买国债按取得时的实际成本入账，除非到期或卖出，其债券收益不在账面反映，不能体现公允价值，造成政府财务报告不能全面、客观的反映政府资产的现状。
3.收付实现制不利于正确处理年终结转事项，造成会计信息不实。在收付实现制基础上进行的总预算会计核算中，存在因跨年度支出而出现结余不实的问题。在年度预算执行过程中，各级财政部门经常会遇到预算已经安排，但由于各种原因当年无法支出的问题，这在收付实现制下，处理起来比较困难。有些地方的做法是“列支出，挂暂存”，这与收付实现制的核算原则明显不符，审计部门也对此提出异议，现在又改为结转支出的办法，这样一来就造成当年结余不实。今后随着政府采购和国库集中支付制度的推广，类似的问题将更加突出。
四、缺乏完善的政府财务报告制度
政府作为社会公共资源的受托者，必须通过披露财务信息以提高政府管理绩效，实现公众及相关利益者对政府的监督，解除其财务受托责任。但迄今为止，我国还没有一份能够全面、完整、系统地反映政府财务状况的政府财务报告。
首先，政府财务报告内容不完整。政府会计报告应提供预算执行情况、政府财务状况和政府运营绩效三方面的信息。而我国的财务报告内容以预算执行信息为主，体现的财务受托责任面过于狭窄。预算收支报表只是简单罗列了现金收支项目和金额，即使是收支情况也未能与预算项目协调配合，难以充分反映预算收支的执行结果。且缺乏政府活动成本费用的信息，没有全面反映政府资产和负债的增减变动以及价值存量等财务状况，因而不能满足使用者评价政府受托责任履行情况的需要。总之，我国目前还没有编制一份真正意义上的全面、完整的政府财务报告。
其次，政府财务报告缺乏公开性。依据我国现行的法律法规，不论是行政、事业单位的预算会计报告，还是总预算会计的预算报告，都不用提交人民代表大会审议。各级财政部门在将本级及汇总的下一级的预算会计信息进行汇总后，只是将部分信息反映在预算执行情况报告中并提交各级人民代表大会审议。公众只能间接了解政府财务状况。