以往多年的发展路径表明，产业引导基金若想取得预期效果，还有很长路的要走。目前我国引导目标实现较好的产业引导基金多集中于发达地区，优质项目多、产业投资市场相对完善为其成功提供了条件。但二、三线城市产业投资市场尚未建立，运用好产业引导基金就更具有挑战性，需要提前做好功课，对设立、运作到投后管理等各个阶段的关键问题都要有较好的把握。
一、产业基金的设立
1.根据本地的产业基础和经济结构特点，选择符合地方发展的产业方向进行扶持。政府引导与市场需求是产业引导基金发展的基础。不考虑本地特点，盲目跟从热点产业投资会导致基金管理公司在实际操作过程中选择“不婚”甚至“假婚”，使引导基金的引导作用被架空。
2.产业引导基金的设立应围绕企业生命周期介入“五个节点”。在企业初创阶段实施天使投资，解决企业初创期“贫血”问题；在成长阶段实施创业投资，帮助企业引入新兴产业或扩大再生产；在成熟阶段实施技改投资，帮助企业提高生产效率；在企业出现危机时实施并购重组投资，为收购方提供资金辅助收购；在科研成果转化时实施产业化投资，发掘科研成果的市场价值和企业成长价值。
3.引入基金投资组合策略解决基金引导目标与商业资本目标间冲突。政府在成立引导基金的时候，可以在规模、专业方向等方面考虑差异化组合。不仅组织较大规模的综合性投资基金，也可以根据本地的产业发展布局，有针对性地组建规模5亿元以下的专业性投资基金，1亿元左右的天使投资基金，并通过单个项目的投资额控制，达到促使其投资扶持产业的目的。这样一来，可将引导基金的政策目标进行具体分解，并据此寻找理念和专业较为契合的管理团队，尽可能地将引导基金的政策目标和专业管理团队的理念靠近，减少两者之间的冲突，对引导基金投资收益又形成一定保障。
二、产业引导基金运作
1.针对产业投资业发展程度不同，选择不同的运作管理模式。对产业投资发展处于初期阶段的地区可采用“补偿基金+股权投资”的模式，尝试引导社会资本进入产业投资领域。该模式将引导基金分成两部分，一部分作为引导基金，另一部分作为补偿资金。为解决投资公司融资问题，提高投资公司资本运作能力，投资公司可用补偿基金做信用担保向银行贷款。对产业投资发展处于成长阶段的地区可采用“引导基金+担保机构”的模式。打造融资平台，扩大融资规模。这种模式是在第一种模式的基础上，引入担保机构，并将创投公司作为风险项目公司的投融资平台。对于产业投资发展处于成熟阶段的地区可采用母基金的模式，更大倍数地实现财政资金的放大效应，发挥其最大功能。
2.推行市场化机制运作。目前多数地方产业引导基金的目的是带动本地经济发展，而不是发展产业投资业，因此，市场化运作方式可选择重庆模式，将基金交由第三方专业的管理公司管理。
三、产业基金的投后管理
产业引导基金委托给专业的管理公司经营的情况下，为避免政府资金面临的道德风险问题，政府应成立监管机构，资金委托给银行进行托管，构成一个“政府监管机构-专业管理公司-托管银行”的初步监管流程。在此基础上，财政部门应当对产业引导基金预算进行审查和监督，检查产业引导基金资金使用。产业投资企业备案管理部门应当督促产业引导基金加强制度建设，引导其所参股的产业投资企业主要投资扶持产业，构成一个“财政部门——备案机构”辅助的体外监管系统。